(in bp) Forward primer Reverse primer - PLOS

CpG Island

Ensembl transcript ID

Ensembl exon ID

ABCB1_A ABCB1_B ABCG2 APAF1 APC ARHGEF2 Aven BAD BIRC5 BRCA1 CDH1 CDKN2A DNAJC15_A DNAJC15_B ESR1_A ESR1_B FANCF FOXO3A GSTP1 HIC1 IGFBP3 MLH1 MSH2 PLAU_A PLAU_B PTEN RAB6C RALBP1 RASSF1 SULF2 TGM2 TP73_A TP73_B

ENST00000265724 ENST00000265724 ENST00000237612 ENST00000333991 ENST00000257430 ENST00000361247 ENST00000306730 ENST00000309032 ENST00000301633 ENST00000357654 ENST00000261769 ENST00000304494 ENST00000379221 ENST00000379221 ENST00000206249 ENST00000206249 ENST00000327470 ENST00000343882 ENST00000398606 ENST00000322941 ENST00000275521 ENST00000231790 ENST00000233146 ENST00000372764 ENST00000372764 ENST00000371953 ENST00000410061 ENST00000019317 ENST00000359365 ENST00000359930 ENST00000361475 ENST00000378295 ENST00000378295

ENSE00001233532 ENSE00001233532 ENSE00001342969 ENSE00001339839 ENSE00001913252 ENSE00001856287 ENSE00001235829 ENSE00001518739 ENSE00001305879 ENSE00001871077 ENSE00001859184 ENSE00001833804 ENSE00001812089 ENSE00001812089 ENSE00001877305 ENSE00001877305 ENSE00001308799 ENSE00001212218 ENSE00001533853 ENSE00001599905 ENSE00001888357 ENSE00001943203 ENSE00001828808 ENSE00001820360 ENSE00001820360 ENSE00001456562 ENSE00001588213 ENSE00001496923 ENSE00001889507 ENSE00001828934 ENSE00001922845 ENSE00001910421 ENSE00001910421

5' end of forward primer relative to Exon (in bp) 94 479 -216 -562 -205 -25 665 -618 -238 -180 -128 -80 -321 120 -313 34 33 -494 2 -624 -322 -541 -84 -261 255 224 -83 -2 -123 -202 -124 -1009 -695

Forward primer

Reverse primer

Annealing temp. (°C)

PCR fragement size (bp)

TAGTTATTTGTGGTGAGGTTGATTG TTAGATTTAGGAGTTTTTGGAGTAG GGGAGTGTTTGGTTTGTTTTT TTTTTATTAGGGGGAGTAGGA AGGGTTAGGTAGGTTGTG GGGGTTTTTTAAATTTGTTTTAGGA GGGTTAGGAATTTAGAGGTTAAGGT TTTAGTTAGGGAGGAGGTTTTTTTT TGGTTTTGAATTTTAGGATTTAAGTG AGATTGGGTGGTTAATTTAGAGTTT ATTTAGATTTTAGTAATTTTAGGTTAGAGG GTGGGGAGGAGTTTAGTTTTTTT TTTTTGAGTAGTTGGGATTATAGGG GTTTGGGGAGGGATTAGG AGTGTAGTTTTTTTTAGGGTTATTTTATGT AGGGTAAGGTAATAGTTTTTGGT GGAATTTTTTTTGTAGTATTTGGAT AGGTTAGGGATTTTTTGGTATTAGG GGAAAGAGGGAAAGGTTTTTT GGGTAGGGGAGTTTAGGGTT GTGTTGAGTTGGTTAGGAGTGATT TTTTTTTTAGGAGTGAAGGAGGTTA GTTTTGTAGTTGAGTAAATATAGAAAGGAGTT GGTTAGGTGTATGGGAGGAAGTA AGAGATAGTTGGGGAGTTTGGTTAT TTATATTGGGTATGTTTAGTAGAGTTTG TATTATTGTTTTTAGTATATATGTTTTGTG TTAGTTTGGTTTAATTGGTTGGAA GGAGGGAAGGAAGGGTAAGG TGTAGTTGTTGGTGAGTTTTTTGTT TTGTATTTTGGGTTAGTTGTGTGTT GGTTTTTTAGTTAGGGTTTGGTGTA GGGTTGGGAGAGTAGTTTTTAGAG

ATCCCATAATAACTCCCAACTTTAC AAAACAAAATTAAAAATCTAACAAC TTCCTCCACAAACTACCTCCTTAC AAACCCCACTACTAAACACAAAAAA ACCAATACAACCACATATC AAAACAAAAAATCTAACTCCCCTC ACACAAACAATTAACAAAACAAACC CTTCAACCCCTCTAAACCTTAATTT AAAAAACTACCAAACAAAAAACAAC ATAATATCCCCCTCAAAACATATTC CAAACTCACAAATACTTTACAATTCC TACAAACCCTCTACCCACCTAAATC CTCCACCCCCAAATAAATAACTATAT CTAACAAAACTCACCAATCTCTAC AACCTCCAACTTTAAATACTAATCTCC AACTTACTACTATCCAAATACACCTC AAACTCTCTTAAAATATCTCCTCATC CAACAACACAAAATTATAAACACAC CCATACTAAAAACTCTAAACCCCATC ATTACCCCAATTAAAAAAAATAATAC AAACTATAAAATCCAAACAAAAAAC TCCAACCAATAAAAACAAAAATACC AACCTCCTCACCTCCTAATTAAAAA ATAACCAAACTCCCCAACTATCTCT TCCTTAAACAACATCAATCAAAACA AACTTCCATCATAACTACAACTTCC AAACACCAACTTAAATTTCCTCAAC CAAACTACAACACCCAAAAAACAC CAACTCAATAAACTCAAACTCCC CAACCACACACATTTACCATTAAAA CTCTCCAAATCAAAACTTAAAAATTC AAAACTTACCACCCACTTCTCCTATA AATCCAAAAAACAAAAAATATAACC

60 60 60 60 52 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 52 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60

265 218 548 777 184 200 198 321 398 546 221 519 216 426 432 474 396 471 302 553 386 443 302 541 239 326 589 323 260 326 406 403 203