Package 'MASS'

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Aug 31, 2013 ... Depends R (>= 3.0.0), grDevices, graphics, stats, utils. Suggests lattice, nlme, nnet, survival. Description Functions and datasets to support ...
Package ‘MASS’ April 21, 2017 Priority recommended Version 7.3-47 Date 2017-02-26 Revision $Rev: 3474 $ Depends R (>= 3.1.0), grDevices, graphics, stats, utils Imports methods Suggests lattice, nlme, nnet, survival Description Functions and datasets to support Venables and Ripley, ``Modern Applied Statistics with S'' (4th edition, 2002). Title Support Functions and Datasets for Venables and Ripley's MASS LazyData yes ByteCompile yes License GPL-2 | GPL-3 URL http://www.stats.ox.ac.uk/pub/MASS4/ Contact NeedsCompilation yes Author Brian Ripley [aut, cre, cph], Bill Venables [ctb], Douglas M. Bates [ctb], Kurt Hornik [trl] (partial port ca 1998), Albrecht Gebhardt [trl] (partial port ca 1998), David Firth [ctb] Maintainer Brian Ripley Repository CRAN Date/Publication 2017-04-21 13:33:21 UTC 1

R topics documented:

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R topics documented: abbey . . . . . accdeaths . . . addterm . . . . Aids2 . . . . . Animals . . . . anorexia . . . . anova.negbin . area . . . . . . bacteria . . . . bandwidth.nrd . bcv . . . . . . . beav1 . . . . . beav2 . . . . . Belgian-phones biopsy . . . . . birthwt . . . . . Boston . . . . . boxcox . . . . . cabbages . . . . caith . . . . . . Cars93 . . . . . cats . . . . . . cement . . . . . chem . . . . . . con2tr . . . . . confint-MASS . contr.sdif . . . coop . . . . . . corresp . . . . . cov.rob . . . . . cov.trob . . . . cpus . . . . . . crabs . . . . . . Cushings . . . DDT . . . . . . deaths . . . . . denumerate . . dose.p . . . . . drivers . . . . . dropterm . . . . eagles . . . . . epil . . . . . . eqscplot . . . . farms . . . . . fgl . . . . . . . fitdistr . . . . .

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R topics documented: forbes . . . . . . fractions . . . . . GAGurine . . . . galaxies . . . . . gamma.dispersion gamma.shape . . gehan . . . . . . genotype . . . . . geyser . . . . . . gilgais . . . . . . ginv . . . . . . . glm.convert . . . glm.nb . . . . . . glmmPQL . . . . hills . . . . . . . hist.scott . . . . . housing . . . . . huber . . . . . . hubers . . . . . . immer . . . . . . Insurance . . . . isoMDS . . . . . kde2d . . . . . . lda . . . . . . . . ldahist . . . . . . leuk . . . . . . . lm.gls . . . . . . lm.ridge . . . . . loglm . . . . . . logtrans . . . . . lqs . . . . . . . . mammals . . . . mca . . . . . . . mcycle . . . . . . Melanoma . . . . menarche . . . . michelson . . . . minn38 . . . . . motors . . . . . . muscle . . . . . . mvrnorm . . . . negative.binomial newcomb . . . . nlschools . . . . npk . . . . . . . npr1 . . . . . . . Null . . . . . . . oats . . . . . . .

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R topics documented:

4 OME . . . . . . painters . . . . . pairs.lda . . . . . parcoord . . . . . petrol . . . . . . Pima.tr . . . . . . plot.lda . . . . . plot.mca . . . . . plot.profile . . . . polr . . . . . . . predict.glmmPQL predict.lda . . . . predict.lqs . . . . predict.mca . . . predict.qda . . . profile.glm . . . . qda . . . . . . . . quine . . . . . . Rabbit . . . . . . rational . . . . . renumerate . . . rlm . . . . . . . . rms.curv . . . . . rnegbin . . . . . road . . . . . . . rotifer . . . . . . Rubber . . . . . . sammon . . . . . ships . . . . . . . shoes . . . . . . shrimp . . . . . . shuttle . . . . . . Sitka . . . . . . . Sitka89 . . . . . Skye . . . . . . . snails . . . . . . SP500 . . . . . . stdres . . . . . . steam . . . . . . stepAIC . . . . . stormer . . . . . studres . . . . . . summary.loglm . summary.negbin . summary.rlm . . survey . . . . . . synth.tr . . . . . theta.md . . . . .

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abbey

5 topo . . . . Traffic . . . truehist . . ucv . . . . . UScereal . . UScrime . . VA . . . . . waders . . . whiteside . width.SJ . . write.matrix wtloss . . .

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152 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 164

Determinations of Nickel Content

Description A numeric vector of 31 determinations of nickel content (ppm) in a Canadian syenite rock. Usage abbey Source S. Abbey (1988) Geostandards Newsletter 12, 241. References Venables, W. N. and Ripley, B. D. (2002) Modern Applied Statistics with S. Fourth edition. Springer.

accdeaths

Accidental Deaths in the US 1973-1978

Description A regular time series giving the monthly totals of accidental deaths in the USA. Usage accdeaths Details The values for first six months of 1979 (p. 326) were 7798 7406 8363 8460 9217 9316.

6

addterm

Source P. J. Brockwell and R. A. Davis (1991) Time Series: Theory and Methods. Springer, New York. References Venables, W. N. and Ripley, B. D. (1999) Modern Applied Statistics with S-PLUS. Third Edition. Springer.

addterm

Try All One-Term Additions to a Model

Description Try fitting all models that differ from the current model by adding a single term from those supplied, maintaining marginality. This function is generic; there exist methods for classes lm and glm and the default method will work for many other classes. Usage addterm(object, ...) ## Default S3 method: addterm(object, scope, scale = k = 2, sorted = FALSE, ## S3 method for class 'lm' addterm(object, scope, scale = k = 2, sorted = FALSE, ## S3 method for class 'glm' addterm(object, scope, scale = k = 2, sorted = FALSE,

0, test = c("none", "Chisq"), trace = FALSE, ...) 0, test = c("none", "Chisq", "F"), ...) 0, test = c("none", "Chisq", "F"), trace = FALSE, ...)

Arguments object

An object fitted by some model-fitting function.

scope

a formula specifying a maximal model which should include the current one. All additional terms in the maximal model with all marginal terms in the original model are tried.

scale

used in the definition of the AIC statistic for selecting the models, currently only for lm, aov and glm models. Specifying scale asserts that the residual standard error or dispersion is known.

test

should the results include a test statistic relative to the original model? The F test is only appropriate for lm and aov models, and perhaps for some over-dispersed glm models. The Chisq test can be an exact test (lm models with known scale) or a likelihood-ratio test depending on the method.

Aids2

7

k

the multiple of the number of degrees of freedom used for the penalty. Only k=2 gives the genuine AIC: k = log(n) is sometimes referred to as BIC or SBC.

sorted

should the results be sorted on the value of AIC?

trace

if TRUE additional information may be given on the fits as they are tried.

...

arguments passed to or from other methods.

Details The definition of AIC is only up to an additive constant: when appropriate (lm models with specified scale) the constant is taken to be that used in Mallows’ Cp statistic and the results are labelled accordingly. Value A table of class "anova" containing at least columns for the change in degrees of freedom and AIC (or Cp) for the models. Some methods will give further information, for example sums of squares, deviances, log-likelihoods and test statistics. References Venables, W. N. and Ripley, B. D. (2002) Modern Applied Statistics with S. Fourth edition. Springer. See Also dropterm, stepAIC Examples quine.hi