Supplementary Figure 1 - Nucleotide alignment of R

0 downloads 0 Views 183KB Size Report
m5_M-ORF ATG TGA GTT GCA GTT GCG TTT ATT TTG TCT TTT ATT GCT AGG GAT CTA AGT TGT CAG ATT TCT ATC TTT GAT GTT TTT TTT TCT TGG GTT ...
Supplementary Figure 1 - Nucleotide alignment of R. philippinarum M-ORF. m5_M-ORF

ATG TGA GTT GCA GTT GCG TTT ATT TTG TCT TTT ATT GCT AGG GAT CTA AGT TGT CAG ATT TCT ATC TTT GAT GTT TTT TTT TCT TGG GTT GAA TCT TTA

[ 99]

m33_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[ 99]

m34_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[ 99]

m35_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[ 99]

m36_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[ 99]

m65_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[ 99]

m67_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[ 99]

m5_M-ORF

[198]

GTA ACT CTG TTT CTT AAG GAG TTT TTT TCC GGT AAT ATT TAC GTG GTT AGT TAC ACT TTC AAA GTT TTT TGG TTA ATA ATT TTT TTT TCT GTG AAA GGA

m33_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[198]

m34_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[198]

m35_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[198]

m36_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[198]

m65_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[198]

m67_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[198]

m5_M-ORF

[297]

AAC CCA TGT GAG TTT ACT GAA ACG AGT AGA CCA TTG CCG TCG TCA TCG TCA TCC TCT TCT GTT CCC TCT TCG TCT AAA CCC CCA AAA CAA GTT TAT TCG

m33_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[297]

m34_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[297]

m35_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[297]

m36_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[297]

m65_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[297]

m67_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[297]

m5_M-ORF

[396]

GCT CCA ATT ATT ATT AGT GGG AGA AAA GAA GAT TTT GAC TAC CTA ATG AGA TTA AGA AAA GAA AAT TTG TTA TTT AAA GTA ATT GTC TTA GAT AGA AAG

m33_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[396]

m34_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[396]

m35_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[396]

m36_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[396]

m65_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[396]

m67_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[396]

m5_M-ORF

[495]

GAG AAC CAG AAT TTT AAA AGT TAT ATT GTC TAC TTT TGG GAA AAA GTA GAC TTA CCT TGT GAG AAT CCC TCT AAA GTT GTA ACC GTT TTG ATT ATT GCA

m33_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ...

[495]

m34_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ...

[495]

m35_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ...

[495]

m36_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[495]

m65_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[495]

m67_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[495]

m5_M-ORF

ATG GAT GAT CCT GAC TCA AAC TAG

[519]

m33_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ...

[519]

m34_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ...

[519]

m35_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ...

[519]

m36_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ...

[519]

m65_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ...

[519]

m67_M-ORF ... ... ... ... ... ... ... ...

[519]

Supplementary Figure 2 - Nucleotide alignment of R. philippinarum F-ORF. f16_F-ORF ATG TTA ATG TTT CTT ACC TTT TTA ATT AGT TTT TTT ATT GCT TTA GTA TAT TTA GAT TTA GGT CTT ATT TAT AGT TAT TTA GGA AAA GAG TAT TCT TGG

[ 99]

f18_F-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... G.. ..G ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[ 99]

f24_F-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[ 99]

f37_F-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... G.. ..G ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[ 99]

f39_F-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[ 99]

f40_F-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ...

[ 99]

f45_F-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[ 99]

f46_F-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[ 99]

f16_F-ORF CTA TTT GAC GGG TAT AGT TTT AGG ACT AGG GTT TTT TTT GTA TTT TTA ATT AAA GTT TTA TGA ATC TTT GTT ATC TTT CAA TTA GTA AAG TAT TTA AGT

[198]

f18_F-ORF ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[198]

f24_F-ORF T.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[198]

f37_F-ORF ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[198]

f39_F-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[198]

f40_F-ORF T.. ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[198]

f45_F-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[198]

f46_F-ORF T.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[198]

f16_F-ORF TAC AGA ATA AGT TGT CGA GAT TTA TAT ACC ATA AAA AGT TCT CAT AGG CAC GTC CCT CAT TCT TCT ATT AAA ATT TTT GTG TAT TTA AAA GTT TTA AAA

[297]

f18_F-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[297]

f24_F-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .C. ... ... ... ... ... ...

[297]

f37_F-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[297]

f39_F-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[297]

f40_F-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[297]

f45_F-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[297]

f46_F-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .C. ... ... ... ... ... ...

[297]

f16_F-ORF GTA GAT CTT TCA GAA GAT TAT AAA AGT CAT CTT GTT AGT TTT TGT TTT ATT GTG AAA AAG GGT GAT GAT TTA AAA ATA TCT AAA GTT TTC TCT ATT TGG

[396]

f18_F-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[396]

f24_F-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... T.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[396]

f37_F-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[396]

f39_F-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[396]

f40_F-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... T.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[396]

f45_F-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[396]

f46_F-ORF ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... T.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[396]

f16_F-ORF TTT AAA TTT TAG

[408]

f18_F-ORF ... ... ... ...

[408]

f24_F-ORF ... ... ... ...

[408]

f37_F-ORF ... ... ... ...

[408]

f39_F-ORF ... ... ... ...

[408]

f40_F-ORF ... ... ... ...

[408]

f45_F-ORF ... ... ... ...

[408]

f46_F-ORF ... ... ... ...

[408]

Supplementary Figure 3 - Translated aminoacid alignment of R. philippinarum M-ORF. m5_M-ORF

MWVAVAFILS FIASDLSCQI SIFDVFFSWV ESLVTLFLKE FFSGNIYVVS YTFKVFWLMI FFSVKGNPCE FTETSSPLPS SSSSSSVPSS SKPPKQVYSA

[100]

m33_M-ORF .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

[100]

m34_M-ORF .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

[100]

m35_M-ORF .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

[100]

m36_M-ORF .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

[100]

m65_M-ORF .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

[100]

m67_M-ORF .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

[100]

m5_M-ORF

PIIISGSKED FDYLMSLSKE NLLFKVIVLD SKENQNFKSY IVYFWEKVDL PCENPSKVVT VLIIAMDDPD SN [172]

m33_M-ORF .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .. [172] m34_M-ORF .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .. [172] m35_M-ORF .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .. [172] m36_M-ORF .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .. [172] m65_M-ORF .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .. [172] m67_M-ORF .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .. [172]

Supplementary Figure 4 - Translated aminoacid alignment of R. philippinarum F-ORF. f16_F-ORF MLMFLTFLIS FFIALVYLDL GLIYSYLGKE YSWLFDGYSF STSVFFVFLI KVLWIFVIFQ LVKYLSYSMS CRDLYTMKSS HSHVPHSSIK IFVYLKVLKV

[100]

f18_F-ORF ........V. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

[100]

f24_F-ORF .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..A.......

[100]

f37_F-ORF ........V. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

[100]

f39_F-ORF .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

[100]

f40_F-ORF .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

[100]

f45_F-ORF .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

[100]

f46_F-ORF .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..A.......

[100]

f16_F-ORF DLSEDYKSHL VSFCFIVKKG DDLKMSKVFS IWFKF [135] f18_F-ORF .......... .......... .......... ..... [135] f24_F-ORF .......... ......L... .......... ..... [135] f37_F-ORF .......... .......... .......... ..... [135] f39_F-ORF .......... .......... .......... ..... [135] f40_F-ORF .......... .......... .Y........ ..... [135] f45_F-ORF .......... .......... .......... ..... [135] f46_F-ORF .......... ......L... .......... ..... [135]

Supplementary Figure 5 - LURs conserved motifs LOGOs. LOGOs of motifs found with MEME. Letters dimensions are proportional to nucleotide frequency at the given position. (a) Motif δ (all species)

T

TC C 40

39

AA

38

37

A

36

35

33

32

31

A

34

T

G

29

28

26

25

24

27

C

AA

C A

CCT

C

T AC A G TCCT CATT

C

G

30

C GAGA

T GT

23

T

22

T GA 21

20

19

18

17

16

15

14

13

12

G

11

9

A G GTCGCC

AT G A

G 10

8

7

GT 6

5

4

A 3

G

2

0

TG 1

bits

1

C AA A G G G G GGGGGG A GGGTAGGTATTAGAAATTTTTGGTG G AATATC TCT AT GCGGTTATAATTT C

G G G GA G G G

2

MEME (no SSC) 27.03.12 13:44

(b) Motif γ (all species)

GG A

T C A

T

41

40

39

38

37

A TAAC 36

31

30

29

27

26

CT

35

T

34

A

TCG

C C G

33

AAGAA

TT AC

25

GG T CCA 32

T GAT 28

C

24

A

22

T

21

19

18

17

16

15

A TT

CT

20

GA

AAT

C

GG A

23

TGGTGAG G

GG

TT

14

A

G

T A

13

TT G C

12

7

6

5

CT

3

2

1

TGC

ATATG

A

C

4

T A

G

11

GC

CT

0

T A A G

T AA G 10

GA GG TAGCT

9

1

8

bits

2

MEME (no SSC) 27.03.12 13:46

(c) Motif β (R. philippinarum only)

bits

2

1

A

GA

CTA

T

A

G

AG

CC

C

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30

0

AGGT

weblogo.berkeley.edu

(d) Motif ε (R. philippinarum only)

1

0

A T

C

T

AA

CG

T

C

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30

bits

2

weblogo.berkeley.edu