Supplementary Material - Nature

Supplementary Material

Genomic Analyses of Breast Cancer Progression Reveal Distinct Routes of Metastasis Emergence

Authors Anne Bruun Krøigård1,2, Martin Jakob Larsen1,2, Charlotte Brasch-Andersen1,2, Anne-Vibeke Lænkholm3, Ann S. Knoop4, Jeanette Dupont Jensen5, Martin Bak6, Jan Mollenhauer7,8, Mads Thomassen1,2,7, Torben A. Kruse1,2,7 Affiliations 1. Department of Clinical Genetics, Odense University Hospital, Odense, Denmark. 2. Human Genetics, Institute of Clinical Research, University of Southern Denmark, Odense, Denmark. 3. Department of Pathology, Slagelse Hospital, Slagelse, Denmark. 4. Department of Oncology, Rigshospitalet, Copenhagen, Denmark. 5. Department of Oncology, Odense University Hospital, Odense, Denmark. 6. Department of Pathology, Odense University Hospital, Odense, Denmark. 7. Lundbeckfonden Center of Excellence NanoCAN.

1

Supplementary Figure S1. Venn diagrams of the mutational concordance of non-synonymous, splicing and synonymous somatic mutations between the different steps of malignant progression of the six studied patients.

2

Supplementary Figure S2. BubbleTree analysis graph and copy number plot of P4 primary tumor region 1. The BubbleTree analysis is based on exome sequencing data. In the upper panel, the R-HDS plot, the R score indicates the copy number ratio between the tumor and matched normal sample, and HDS is the heterozygous-deviation score. The tree branches represent the integer allele-specific copy numbers. The lower panel depicts the copy number events. The tumor cell content of each sample is estimated, indicated by the first figure in the purity estimate. The following figures represent the frequency of major subclones.

3

Supplementary Figure S3. BubbleTree analysis graph and copy number plot of P4 primary tumor region 2. The BubbleTree analysis is based on exome sequencing data. In the upper panel, the R-HDS plot, the R score indicates the copy number ratio between the tumor and matched normal sample, and HDS is the heterozygous-deviation score. The tree branches represent the integer allele-specific copy numbers. The lower panel depicts the copy number events. The tumor cell content of each sample is estimated, indicated by the first figure in the purity estimate. The following figures represent the frequency of major subclones.

4

Supplementary Figure S4. BubbleTree analysis graph and copy number plot of P4 synchronous axillary lymph node metastasis. The BubbleTree analysis is based on exome sequencing data. In the upper panel, the R-HDS plot, the R score indicates the copy number ratio between the tumor and matched normal sample, and HDS is the heterozygous-deviation score. The tree branches represent the integer allelespecific copy numbers. The lower panel depicts the copy number events. The tumor cell content of each sample is estimated, indicated by the first figure in the purity estimate. The following figures represent the frequency of major subclones.

5

Supplementary Figure S5. BubbleTree analysis graph and copy number plot of P4 asynchronous distant metastasis. The BubbleTree analysis is based on exome sequencing data. In the upper panel, the R-HDS plot, the R score indicates the copy number ratio between the tumor and matched normal sample, and HDS is the heterozygous-deviation score. The tree branches represent the integer allele-specific copy numbers. The lower panel depicts the copy number events. The tumor cell content of each sample is estimated, indicated by the first figure in the purity estimate. The following figures represent the frequency of major subclones.

6

Supplementary Figure S6. BubbleTree analysis graph and copy number plot of P8 DCIS 1. The BubbleTree analysis is based on exome sequencing data. In the upper panel, the R-HDS plot, the R score indicates the copy number ratio between the tumor and matched normal sample, and HDS is the heterozygous-deviation score. The tree branches represent the integer allele-specific copy numbers. The lower panel depicts the copy number events. The tumor cell content of each sample is estimated, indicated by the first figure in the purity estimate. The following figures represent the frequency of major subclones.

7

Supplementary Figure S7. BubbleTree analysis graph and copy number plot of P8 DCIS 2. The BubbleTree analysis is based on exome sequencing data. In the upper panel, the R-HDS plot, the R score indicates the copy number ratio between the tumor and matched normal sample, and HDS is the heterozygous-deviation score. The tree branches represent the integer allele-specific copy numbers. The lower panel depicts the copy number events. The tumor cell content of each sample is estimated, indicated by the first figure in the purity estimate. The following figures represent the frequency of major subclones.

8

Supplementary Figure S8. BubbleTree analysis graph and copy number plot of P8 primary tumor. The BubbleTree analysis is based on exome sequencing data. In the upper panel, the R-HDS plot, the R score indicates the copy number ratio between the tumor and matched normal sample, and HDS is the heterozygous-deviation score. The tree branches represent the integer allele-specific copy numbers. The lower panel depicts the copy number events. The tumor cell content of each sample is estimated, indicated by the first figure in the purity estimate. The following figures represent the frequency of major subclones.

9


10


11


12


13

Supplementary Figure S13. BubbleTree analysis graph and copy number plot of P11 asynchronous distant metastasis. The Bubble Tree analysis is based on exome sequencing data. In the upper panel, the R-HDS plot, the R score indicates the copy number ratio between the tumor and matched normal sample, and HDS is the heterozygous-deviation score. The tree branches represent the integer allele-specific copy numbers. The lower panel depicts the copy number events. The tumor cell content of each sample is estimated, indicated by the first figure in the purity estimate. The following figures represent the frequency of major subclones.

14


15


16

Supplementary Figure S16. BubbleTree analysis graph and copy number plot of P46 DCIS. The BubbleTree analysis is based on exome sequencing data. In the upper panel, the R-HDS plot, the R score indicates the copy number ratio between the tumor and matched normal sample, and HDS is the heterozygous-deviation score. The tree branches represent the integer allele-specific copy numbers. The lower panel depicts the copy number events. The tumor cell content of each sample is estimated, indicated by the first figure in the purity estimate. The following figures represent the frequency of major subclones.

17


18


19

Supplementary Figure S19. BubbleTree analysis graph and copy number plot of P123 DCIS. The BubbleTree analysis is based on exome sequencing data. In the upper panel, the R-HDS plot, the R score indicates the copy number ratio between the tumor and matched normal sample, and HDS is the heterozygous-deviation score. The tree branches represent the integer allele-specific copy numbers. The lower panel depicts the copy number events. The tumor cell content of each sample is estimated, indicated by the first figure in the purity estimate. The following figures represent the frequency of major subclones.

20

Supplementary Figure S20. BubbleTree analysis graph and copy number plot of P123 primary tumor. The BubbleTree analysis is based on exome sequencing data. In the upper panel, the R-HDS plot, the R score indicates the copy number ratio between the tumor and matched normal sample, and HDS is the heterozygous-deviation score. The tree branches represent the integer allelespecific copy numbers. The lower panel depicts the copy number events. The tumor cell content of each sample is estimated, indicated by the first figure in the purity estimate. The following figures represent the frequency of major subclones.

21

Supplementary Figure S21. BubbleTree analysis graph and copy number plot of P123 synchronous axillary lymph node metastasis. The BubbleTree analysis is based on exome sequencing data. In the upper panel, the R-HDS plot, the R score indicates the copy number ratio between the tumor and matched normal sample, and HDS is the heterozygous-deviation score. The tree branches represent the integer allele-specific copy numbers. The lower panel depicts the copy number events. The tumor cell content of each sample is estimated, indicated by the first figure in the purity estimate. The following figures represent the frequency of major subclones.

22

Supplementary Figure S22. SNP array tracks on the primary tumor (region 1), synchronous axillary lymph node metastasis and asynchronous distant metastasis of P4.

23

Supplementary Figure S23. Overview of copy number aberrations based on micro array analysis on the primary tumor (region 1), synchronous axillary lymph node metastasis and asynchronous distant metastasis of P4.

24

Supplementary Table S1. Patient characteristics. Age: age at diagnosis. IDC: Invasive ductal carcinoma. MG: Malignancy grade. ER: Estrogen receptor status. PR: Progesterone receptor status. N: normal. A: amplified. CEF: Cyclofosfamid, Epirubicin, 5- Flouracil. LN: lymph nodes.

Pt ID

Age

Type

ER

PR

HER 2

MG

IDC

Primary tumor size 14 mm

P4

72 years

P8

# pos LN 1/10 LN

Treatment

pos

neg

A

II

58 years

IDC

50 mm

pos

pos

N

II

15/15

N

III

1/15 LN

pos

N

III

17/18 LN

5 series of neo-adj. CEF. Surgery. 4 series of Taxotere/Gemcitabine. Tamoxifen 2.5 years, then Arimidex. Radiation therapy Surgery. Adjuvant 7 series of CEF, Tamoxifen. Radiation therapy. Surgery. Adjuvant Letrozole. Radiation therapy.

P 11

46 years

IDC

25 mm

pos

pos

P 15

66 years

IDC

17 mm + 15 mm = multifokal

pos

P 46

79 years

IDC

P 123

67 years

IDC

10 mm and diffusely spread 110 mm 23 mm

pos

neg

N

III

5/20 LN

Neo-adj. Letrozole. Surgery.

pos

neg

A

II

5/11 LN

Surgery.

25

Surgery, Adjuvant Letrozole.

Supplementary Table S2. Exome sequencing data. GB: Gigabases. Sample ID

Reads

Raw yield GB

Yield > Q30 GB

% duplicate reads

On target %

Mean quality score

Mean coverage

P 4 normal

137998082

13.9

12.7

30.2

49

35

76.3

P 4 primary tumor region 1

202241820

20.4

17.5

35.2

42

34

89.1

0.76


214612358

21.69

18.45

37.6

40.8

34

89.0

0.68

P 4 axillary LN metastasis

228636662

23.1

19.7

37.7

41

34

95.3

0.95

P4 asynchronous metastasis

182965674

18.5

15.9

36.2

42

34

79.4

0.84

P 8 normal

265430620

26.8

24.8

30.5

50

36

148.6

P 8 DCIS 1

243928670

24.6

20.9

40.8

42

34

98.7

0.84

P 8 DCIS 2

215827498

21.8

18.4

38.1

41

34

89.2

0.74

P 8 primary tumor

157726216

15.9

14.5

39.2

48

35

74.2

0.63

P 8 axillary LN metastastasis

214122460

21.6

18.4

39.3

42

34

89.8

0.24

P8 asynchronous metastasis

268675802

27.1

23.0

41.8

44

34

110.7

0.86

P 11 normal

140623584

14.2

13.0

40.2

48

35

64.9

P 11 primary tumor

184097102

18.5

15.6

41.4

41

34

72.2

0.89


216085566

21.8

18.3

44.5

41

34

79.8

0.24

P 11 asynchronous metastasis

183796550

18.6

15.7

44.2

44

34

72.8

0.58

P 15 normal

141189470

14.2

13.1

55.1

48

35

49.5

26

Tumor purity

P 15 primary tumor

220176516

22.2

18.7

48.6

40

34

73.9

0.83


250377642

25.3

21.5

51.5

43

34

84.3

0.23

P 46 normal

25544032

2.5

2.3

41.4

48

35

11.5

046 DCIS

161940808

16.4

13.4

40.8

42

33

65.5

0.46

P 46 primary

174537472

17.6

14.3

39.8

40

33

68.9

0.44


190894534

19.3

15.7

40.9

41

33

75.3

0.69

P 123 normal

147519622

14.9

12.8

61.2

48

34

45.0

P 123 DCIS

193871748

19.6

16.5

44.4

43

34

74.8

0.57

P 123 primary tumor

224591476

22.6

19.3

48.4

44

34

83.4

0.64


246589864

24.9

20.9

48.2

44

34

91.7

0.23

27

Supplementary Table S3. Mean coverage of validated positions. Sample ID

Mean coverage in validated positions

P 4 normal

407 x


486 x


458 x

P 4 axillary lymph node metastasis

457 x


441 x

P 8 normal

399 x

P 8 DCIS 1

493 x

P 8 DCIS 2

377 x

P 8 primary tumor

436 x


440 x


372 x

P 11 normal

317 x

P 11 primary tumor

592 x


548 x


569 x

P 15 normal

200 x

P 15 primary tumor

597 x


505 x

P 46 normal

384 x

P 46 DCIS

602 x

P 46 primary tumor

613 x


580 x

P 123 normal

463 x

P 123 DCIS

477 x

P 123 primary tumor

477 x


449 x

28

Supplementary Table S4. List of somatic mutations and allele frequencies for P4. ALN: axillary lymph node; Ref: reference allele; Alt: alternative allele; RD: read depth; BAF: alternative allele frequency.

Chr Start 1 9931281 1 19513032 1 25167343 1 25573168 1 25573357 1 43897998 1 64644112 1 76215233 1 77094447 1 109856898 1 1 1 1 1 1

151060714 153312986 153657525 155631133 155721883 158227230

1 1

161882118 169498936

1 1 1 1

Ref G A G CT C G T A A AT G G G C C C CTT CA TC AT C C

Alt C T C A T G T T -

Nor Primary Primary ALN Asynchronous mal tumor 1 tumor 2 metastasis metastasis RD BAF RD BAF RD BAF RD BAF RD BAF 186 0.00 144 0.22 125 0.15 73 0.43 111 0.37 373 0.00 170 0.36 199 0.29 88 0.58 136 0.32 533 0.00 263 0.33 262 0.31 132 0.54 189 0.28 100 0.00 90 0.23 80 0.16 67 0.37 47 0.40 107 0.00 78 0.12 80 0.15 43 0.34 45 0.32 142 0.00 202 0.00 142 0.00 116 0.17 69 0.22 251 0.00 225 0.00 220 0.00 132 0.24 173 0.00 211 0.00 184 0.00 172 0.00 102 0.24 108 0.00 766 0.00 520 0.00 496 0.00 375 0.27 461 0.00 130 0.00 122 0.15 108 0.07 86 0.21 93 0.18

C C A A A -

622 50 95 118 139 753

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

697 70 55 219 232 780

0.10 0.11 0.47 0.04 0.09 0.08

557 49 80 198 208 825

0.07 0.09 0.32 0.04 0.09 0.07

499 49 58 161 169 643

0.14 0.28 0.44 0.19 0.21 0.12

540 57 69 177 180 830

0.13 0.12 0.34 0.15 0.14 0.08

A T

760 1045

0.00 0.00

0.47 0.09

462 1254

0.45 0.10

393 1233

0.47 0.12

421 1299

0.44 0.17

169498943 C

T

1036

0.00

0.09

1247

0.10

1235

0.12

1294

0.18

177906564 180063424 C 202245585 GC CCT CA AC CG CA TC A

C A -

138 614 574

0.00 0.00 0.00

458 126 9 127 1 201 576 106 7

0.16 0.09 0.06

202 457 942

0.09 0.05 0.06

154 414 1002

0.16 0.14 0.10

183 366 849

0.16 0.13 0.10

29

1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2

206329060 209803080 221875842 230846566 235318410 237895449 241850884 248616883 31624195 39417586 43980821 75928332 79385590 85982046 98351013 100209992 128480565 166897796 183608332 191300763 197645297 206869381 210804286 233712215

G A T C C G C T C A G G C C C C G A G A G G G -

3 3 3 3 3 3 3

10379944 10953823 48802739 108672575 112358268 113085088 121409994

G C T T C T CT GA ATT TG TG CT GT GA

A C G G T C G A A C C A A A T A A T A T C T A CA GC AG CA GC CG CC A C A C C A -

242 109 385 218 471 566 373 73 393 916 509 753 226 115 262 152 468 368 803 750 897 654 447 485

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02

394 221 563 412 633 684 688 455 250 582 472 730 189 193 507 236 318 224 271 876 794 515 510 337

0.29 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.06 0.13 0.17 0.40 0.09 0.00 0.44 0.05 0.00 0.11 0.05 0.00 0.50 0.24 0.12 0.31 0.00 0.06

336 188 673 485 657 628 606 340 264 586 465 788 173 172 454 212 324 252 248 784 763 436 410 315

0.25 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.05 0.09 0.16 0.35 0.10 0.00 0.35 0.09 0.00 0.09 0.07 0.00 0.51 0.28 0.11 0.33 0.00 0.04

415 190 772 645 825 848 751 477 178 435 415 491 69 181 569 230 277 86 42 1003 623 220 225 188

0.25 0.14 0.08 0.00 0.08 0.06 0.00 0.08 0.30 0.45 0.01 0.18 0.70 0.13 0.00 0.16 0.00 0.45 0.86 0.20 0.19 0.53 0.31 0.10

408 157 587 448 582 675 701 468 272 526 446 555 104 157 397 254 264 113 138 808 642 297 257 232

0.22 0.09 0.10 0.09 0.08 0.07 0.00 0.11 0.21 0.36 0.00 0.14 0.59 0.14 0.13 0.11 0.00 0.36 0.66 0.23 0.18 0.47 0.28 0.09

368 375 335 894 165 673 788

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

514 229 287 949 148 692 781

0.14 0.44 0.15 0.12 0.35 0.00 0.04

457 262 296 969 134 713 741

0.13 0.32 0.12 0.09 0.41 0.00 0.03

450 166 209 901 102 693 536

0.16 0.55 0.19 0.16 0.50 0.00 0.08

454 184 248 970 88 616 559

0.12 0.46 0.16 0.15 0.60 0.13 0.07

30

GA CCT TTA TTT T C C G CT GT GG TT C C C A

3 3 3 3

142142421 142681184 183027613 190322147

3 4 4 4

194362853 9217151 9246838 74365759

4 4

5

134073498 G 146807258 AA AG GG CA CA GC TG GC AC TG 56161670 -

5 5 5 5 5

77406165 132070016 137498994 140346922 140710941

C G C G TC AG GT GG TG

A T T -

681 454 113 802

0.00 0.00 0.00 0.00

768 642 131 109 4

0.00 0.00 0.13 0.00

760 754 78 970

0.00 0.00 0.20 0.00

486 371 68 721

0.19 0.18 0.26 0.15

489 462 84 790

0.11 0.13 0.18 0.15

T G T T

151 208 54 783

0.00 0.01 0.00 0.00

0.06 0.04 0.09 0.13

159 194 184 1410

0.05 0.03 0.03 0.12

157 94 60 1766

0.10 0.06 0.14 0.14

172 146 115 1478

0.05 0.09 0.08 0.14

A -

170 438

0.00 0.00

197 197 191 151 9 109 208

0.17 0.13

116 234

0.13 0.13

72 170

0.26 0.18

74 183

0.35 0.16

CA GA AA TAT CA CA GT AG GC GT AG A T A T -

793

0.00

618

0.20

605

0.16

364

0.33

425

0.30

1165 865 624 437 201

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

679 531 646 315 224

0.16 0.17 0.00 0.21 0.14

703 504 548 331 169

0.17 0.15 0.00 0.16 0.13

361 351 481 260 144

0.34 0.29 0.02 0.28 0.23

491 464 413 335 189

0.17 0.23 0.13 0.20 0.12

31

5 5 6 6 6

149636152 149636153 24563659 26199103 30126306

6 6 6

33235910 36181973 42618064

6 6 7 7 7 7 7 7 7 8 8 8 8 8 8 8

52268463 158504597 12400990 44579562 48317903 92763549 128486393 150707707 154677353 7718203 19813429 27288975 28017971 31498189 57079853 65517396

GA A C T A CTC TCC AA TT GT GC TA AG AG GA TG CTC TG CT GT TCC T G G AG AA TG TG CC AA T T A A G C G G G C C A C T G G

T A G C -

89 86 325 456 228

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

89 91 384 338 175

0.09 0.09 0.00 0.10 0.08

85 87 406 345 176

0.16 0.16 0.00 0.06 0.07

80 83 368 247 155

0.25 0.23 0.18 0.21 0.09

72 73 247 219 161

0.15 0.15 0.15 0.22 0.05

C C -

314 378 733

0.00 0.00 0.00

135 360 497

0.42 0.14 0.10

195 369 469

0.20 0.13 0.08

100 292 349

0.51 0.18 0.18

130 295 385

0.37 0.18 0.16

G G G G A T A T G T G C A T

367 359 369 628 480 561 320 172 283 279 362 614 297 89 319 446

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

296 338 315 966 481 222 224 117 249 726 147 256 213 161 539 559

0.07 0.21 0.18 0.15 0.00 0.24 0.35 0.23 0.19 0.05 0.29 0.63 0.25 0.10 0.00 0.06

301 334 246 886 413 242 274 145 215 640 119 311 187 181 479 534

0.08 0.19 0.17 0.12 0.00 0.15 0.30 0.18 0.19 0.04 0.27 0.56 0.24 0.09 0.00 0.09

202 213 282 1385 535 137 153 110 164 496 14 42 164 163 522 474

0.22 0.44 0.18 0.11 0.12 0.33 0.60 0.31 0.34 0.12 0.80 0.92 0.23 0.06 0.09 0.12

175 206 290 1053 408 172 167 158 202 501 55 126 198 152 566 536

0.27 0.43 0.19 0.12 0.11 0.30 0.50 0.16 0.33 0.15 0.51 0.77 0.19 0.13 0.11 0.12

32

8 8 8

105507409 C 108276514 T 117782582 C

T A G

481 428 578

0.00 0.00 0.00

8 8 8

124790306 C 143994065 G 144658984 GG GC CCT CA CC AG CT GC TG GC 145676029 G 13190129 C 73235147 C 24874639 T 24874640 C 26414428 G 50028405 A 50819511 G 71392660 C 73450249 C 115950770 G 118137974 G 124458861 C 125601974 C 62298281 T 62482998 C 67223661 C 68529105 A 76893486 G 85436215 C 94862108 C 113196360 G 118343220 G 118984804 GG AC GA GT TG GC

G A -

690 258 152

T T A A A A C A G T C T T G C T A C T T T A C -

83 820 230 533 537 537 129 213 358 220 458 1027 360 286 541 549 99 571 320 340 522 644 533 306

8 9 9 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11

0.35 0.04 0.06

317 468 1063

0.35 0.07 0.05

362 532 1306

0.38 0.09 0.06

351 492 1478

0.34 0.08 0.05

0.00 0.01 0.00

359 536 124 7 826 402 222

0.38 0.12 0.17

762 340 222

0.37 0.14 0.12

891 442 278

0.43 0.17 0.18

924 384 254

0.48 0.16 0.11

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

202 511 260 636 639 332 132 359 477 249 364 767 683 511 404 420 102 351 366 427 409 411 173 153

0.00 0.17 0.00 0.07 0.06 0.25 0.16 0.10 0.20 0.06 0.19 0.17 0.08 0.00 0.18 0.16 0.00 0.19 0.00 0.00 0.20 0.23 0.51 0.33

156 489 218 654 663 305 122 327 492 206 389 681 701 488 379 464 131 394 379 358 334 396 220 205

0.00 0.12 0.00 0.10 0.09 0.30 0.22 0.11 0.20 0.09 0.16 0.13 0.06 0.00 0.19 0.17 0.00 0.13 0.00 0.00 0.18 0.19 0.45 0.28

184 381 110 630 637 235 179 472 525 316 204 469 549 281 277 286 108 300 315 329 246 296 27 46

0.12 0.23 0.32 0.13 0.13 0.43 0.19 0.15 0.35 0.09 0.31 0.24 0.13 0.11 0.30 0.31 0.00 0.29 0.00 0.00 0.31 0.30 0.86 0.59

153 433 181 546 545 201 175 433 491 300 281 438 513 278 316 334 111 292 284 276 308 331 92 89

0.09 0.15 0.24 0.13 0.13 0.48 0.19 0.16 0.33 0.07 0.22 0.21 0.08 0.11 0.20 0.20 0.06 0.20 0.26 0.14 0.21 0.22 0.62 0.45

33

11 12 12 12 12 12 12 12 12 12 13 13 14 14 14 14 14 14 14 14

15 15 15 15 15 15 15 15 15 16 16 16 16

125885225 6471284 7172533 14849186 48379588 53167409 54796835 67698443 105282898 112187007 32954219 32954222 20898268 31618327 32559937 35873753 45432426 50459522 52949670

GC TAT CC CT A G T C G T C G T T T C C C C C G G A

77274414 -

65256052 66679726 74427056 75656966 76646466 88420267 91488157 92663761 101555577 1263904 2855024 3639305 3786740

G C C C C A C G A G C C G

T C C G C C G A C C A G A T T C T C CT GA GG GC CA TCT CCT GC T A A A T T T A G T G T T

840 204 686 490 208 480 143 446 940 216 658 648 236 334 822 367 667 490 1210

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

0.28 0.00 0.14 0.00 0.12 0.00 0.08 0.15 0.13 0.14 0.10 0.10 0.17 0.12 0.37 0.16 0.10 0.13 0.13

416 262 602 428 325 550 130 330 685 184 862 857 213 234 468 461 682 454 1146

0.18 0.00 0.10 0.00 0.11 0.00 0.12 0.16 0.13 0.08 0.08 0.08 0.17 0.09 0.25 0.10 0.12 0.10 0.12

220 301 808 637 266 419 103 266 561 192 690 665 171 226 296 520 695 457 1054

0.38 0.15 0.14 0.00 0.19 0.23 0.25 0.23 0.20 0.21 0.16 0.17 0.19 0.18 0.42 0.13 0.11 0.16 0.17

292 320 761 500 291 468 111 299 632 182 674 640 225 204 256 323 487 399 1029

0.32 0.11 0.15 0.08 0.16 0.12 0.17 0.18 0.18 0.20 0.14 0.14 0.19 0.19 0.47 0.17 0.16 0.11 0.18

0.00

387 269 584 475 312 614 130 374 721 182 938 916 232 283 454 388 695 465 136 7 67

134

0.12

83

0.11

40

0.33

56

0.21

276 240 137 204 573 134 244 152 435 113 127 117 348

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

184 236 274 331 768 180 349 221 740 152 125 156 514

0.28 0.18 0.00 0.08 0.19 0.21 0.12 0.23 0.21 0.07 0.29 0.11 0.00

193 266 249 296 756 157 343 163 603 200 134 177 478

0.20 0.10 0.00 0.08 0.16 0.22 0.14 0.29 0.20 0.10 0.31 0.13 0.00

196 291 305 334 718 150 372 248 658 197 110 174 343

0.30 0.16 0.00 0.16 0.32 0.38 0.11 0.21 0.25 0.09 0.34 0.14 0.15

172 257 304 338 721 190 374 184 597 211 130 164 384

0.29 0.13 0.11 0.12 0.28 0.27 0.13 0.29 0.23 0.11 0.25 0.12 0.16

34

16 16 16 16 17

29841949 66434820 68011882 89623418 4841102

17 17

6330276 6930145

17 17 17 17 17 17 17 17 18 18 18 18

29220795 36483817 37263703 38122115 39019544 39538239 43006259 78305836 9279577 11610490 13055846 21141429

18 18

31226270 43314354

C G G G GG TG TG GG GG CC CA GG CG G CTT TG TA CA GG TA CG GA GC CA GC CTC C G T G A G A C CA C T C GG AG TCC CA GG G A A

G A A A -

113 334 365 330 705

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

156 372 98 424 550

0.09 0.00 0.69 0.04 0.13

165 362 162 357 683

0.14 0.00 0.56 0.08 0.12

187 362 31 331 484

0.09 0.00 0.90 0.16 0.18

186 377 57 298 566

0.12 0.06 0.81 0.15 0.17

C -

74 127

0.00 0.00

39 108

0.43 0.00

49 97

0.37 0.00

32 68

0.60 0.12

35 87

0.47 0.10

C C A T T T A T A T -

945 361 147 218 186 181 189 446 407 280 533 330

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00

837 507 286 469 424 376 674 592 236 308 439 258

0.25 0.09 0.10 0.00 0.08 0.10 0.00 0.09 0.08 0.06 0.13 0.13

892 469 195 368 463 353 617 493 248 284 448 241

0.20 0.11 0.10 0.00 0.08 0.07 0.00 0.10 0.06 0.05 0.09 0.14

719 455 275 497 468 324 554 579 211 299 342 195

0.38 0.26 0.11 0.09 0.09 0.09 0.08 0.18 0.00 0.04 0.18 0.16

693 545 238 424 421 369 470 566 166 273 342 200

0.39 0.12 0.12 0.08 0.12 0.12 0.10 0.18 0.00 0.03 0.17 0.16

G T

798 209

0.00 0.00

441 145

0.17 0.00

417 152

0.14 0.00

283 61

0.28 0.40

325 67

0.25 0.20

35

19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 20 20 20 20 21 21 21 22 22 X X X X X X X X X X X X X 6 11 11 13 13 13 16

5245852 6381736 14569112 16890209 18305657 36046599 37733955 40321141 41084386 43234070 47865906 52569634 52693377 53762223 43653679 47739670 49458391 58559759 30313570 33711193 36206827 50277979 50893771 2951334 19392690 24006642 44922988 47918729 48792107 48925416 125954893 133379549 135443707 152138030 152482856 153130911 28963272 15096326 58477469 39264986 39265203 39265204 31470915

T C G G C G C C G C G C C G G T C C A G AG A A G T C C T T A A G T G T C G G G A G G

C G T T G A G G T A T A A A A C A A T T A C T T A G T A A T T T A T G T C C C T C T

365 429 76 192 134 437 449 195 462 346 315 506 223 286 662 303 205 1170 796 321 171 459 220 206 315 598 651 472 616 89 151 643 660 537 234 128 447 376 598 631 643 649 201

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

498 521 108 267 143 532 291 199 399 434 331 334 219 311 632 405 472 959 631 374 100 501 231 279 487 768 576 495 733 132 146 378 483 530 211 127 341 470 519 866 951 951 331

0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.16 0.14 0.09 0.07 0.00 0.07 0.15 0.00 0.00 0.12 0.00 0.11 0.61 0.00 0.12 0.28 0.01 0.00 0.11 0.00 0.09 0.08 0.13 0.03 0.12 0.00 0.10 0.13 0.00 0.22 0.23 0.00 0.05 0.18 0.07 0.06 0.06 0.06

485 599 127 325 181 489 272 208 386 425 363 251 311 292 584 382 482 987 651 314 97 436 235 228 416 768 589 427 779 146 161 299 445 551 268 99 295 471 540 881 904 898 300

36

0.09 0.00 0.07 0.00 0.00 0.14 0.11 0.13 0.10 0.00 0.09 0.15 0.00 0.00 0.10 0.00 0.07 0.57 0.00 0.14 0.29 0.08 0.00 0.14 0.00 0.03 0.06 0.12 0.04 0.13 0.01 0.11 0.10 0.00 0.12 0.31 0.09 0.05 0.19 0.05 0.06 0.06 0.11

406 579 81 268 159 646 256 170 360 308 259 248 292 279 580 341 608 820 479 380 91 412 277 271 334 598 643 496 817 128 128 244 367 430 229 124 305 492 347 765 842 844 394

0.21 0.18 0.17 0.11 0.16 0.18 0.15 0.20 0.21 0.25 0.25 0.18 0.00 0.00 0.13 0.00 0.10 0.68 0.20 0.15 0.41 0.00 0.00 0.18 0.18 0.19 0.00 0.13 0.13 0.16 0.01 0.25 0.00 0.20 0.24 0.37 0.00 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.12

397 571 74 247 175 552 284 189 291 324 246 239 209 192 474 256 495 796 501 324 73 342 154 317 260 442 576 485 754 145 127 271 545 593 330 117 270 436 414 721 805 796 359

0.21 0.17 0.28 0.14 0.16 0.17 0.13 0.15 0.23 0.21 0.22 0.15 0.21 0.20 0.14 0.19 0.10 0.66 0.20 0.11 0.32 0.00 0.11 0.00 0.15 0.26 0.00 0.14 0.13 0.12 0.23 0.21 0.00 0.16 0.15 0.47 0.00 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.12

16 17 19 19 19 20 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 3 3 3 4 4 5 5 5 5 5 6 6 6 6 6 6 6 7 7 7 7 7 7 8 8 9

31470916 34493506 44661602 54725745 55711745 2375239 12939854 144863355 152383294 177901894 177906566 197101460 205307648 216108016 233489625 55831198 240969517 17202587 122133833 124538655 9246840 23886399 45695892 66449402 132435344 137498986 140740440 10687346 26411799 30585669 37452635 74117273 129498957 153316401 39446285 44578717 48317904 48431695 55240790 122635203 144659007 145661993 33528743

G C A A C G T G T T A A T A T A G G C T C G G A A G G G C G C C C C C G G G G T C C C

T T G G G A G A G C T G G G A G A T T G T A A C G A T A A A T A T T A A A A A C T T T

200 157 740 151 264 170 271 765 106 348 138 602 158 566 303 501 140 324 783 505 58 640 274 457 403 626 455 420 478 358 304 442 252 481 199 592 466 447 96 431 177 99 641

0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

325 246 546 230 311 241 386 960 130 399 201 818 231 783 594 394 253 421 632 566 245 337 314 294 195 629 326 504 284 343 382 277 200 459 521 940 476 387 143 307 232 190 442

0.06 0.11 0.03 0.05 0.04 0.03 0.05 0.11 0.16 0.09 0.15 0.00 0.05 0.10 0.10 0.13 0.10 0.00 0.08 0.11 0.00 0.14 0.12 0.17 0.42 0.00 0.20 0.05 0.23 0.13 0.00 0.36 0.31 0.15 0.00 0.08 0.00 0.34 0.11 0.14 0.15 0.10 0.36

296 204 534 245 260 247 337 854 147 385 208 737 141 714 534 364 233 403 540 524 198 308 309 282 209 541 314 368 306 283 323 285 205 337 436 856 415 395 142 313 261 185 423

37

0.11 0.11 0.06 0.05 0.06 0.07 0.04 0.08 0.06 0.09 0.09 0.00 0.10 0.08 0.08 0.10 0.07 0.00 0.11 0.13 0.02 0.19 0.12 0.18 0.37 0.00 0.20 0.06 0.24 0.20 0.00 0.30 0.28 0.15 0.00 0.06 0.00 0.25 0.07 0.13 0.11 0.07 0.35

397 361 530 310 341 191 303 789 79 437 157 720 182 924 632 384 189 289 405 391 70 191 224 204 152 486 253 273 272 270 349 226 101 315 494 1311 527 317 178 208 307 199 298

0.12 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.14 0.29 0.00 0.16 0.00 0.18 0.08 0.12 0.13 0.08 0.12 0.18 0.21 0.07 0.36 0.20 0.29 0.48 0.02 0.29 0.27 0.27 0.23 0.00 0.38 0.54 0.19 0.06 0.00 0.12 0.58 0.16 0.27 0.17 0.25 0.50

357 266 531 255 316 230 217 845 113 451 182 598 142 665 512 330 176 420 451 424 126 226 270 268 148 424 282 322 192 160 248 192 127 315 431 925 397 301 187 246 274 158 375

0.12 0.09 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.09 0.14 0.00 0.16 0.12 0.13 0.11 0.11 0.12 0.07 0.00 0.16 0.17 0.05 0.44 0.15 0.16 0.53 0.12 0.25 0.25 0.36 0.25 0.21 0.41 0.43 0.08 0.11 0.00 0.11 0.44 0.00 0.24 0.11 0.25 0.53

X

9 9 10 10

96025965 103004904 63170167 69648677

T C C C

A T T G

100 624 382 1034

0.00 0.00 0.01 0.00

11 11 11 11 11 12 12 12 12 12 12 13 13 14 16

726625 64899782 66131722 118377152 120980024 6426740 51566200 53722599 56568506 103240709 120530896 41650316 114321950 105639361 11773243

G G C T A A G G C C C G G C C

A T A G C C T T T G T A A T T

61 791 220 650 476 154 786 175 423 469 242 390 299 353 609

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

17 17 17 17 19 19 19 20 20

3716452 10450909 65337163 76113912 4317222 4510993 43998911 31040798 40052250

A G G G C G G C T

T A A C T C T T G

352 498 516 176 251 458 455 195 812

0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00

22

25124156 C

T

700

0.00

68382404 C

T

251

0.01

59 526 510 107 6 74 742 298 447 321 208 324 173 496 450 286 383 211 299 101 7 304 434 540 198 328 848 334 253 113 3 104 1 246

0.17 0.00 0.12 0.09

69 482 413 960

0.10 0.00 0.11 0.09

51 499 556 1192

0.27 0.00 0.13 0.11

63 444 590 1125

0.20 0.05 0.11 0.12

0.00 0.13 0.14 0.26 0.23 0.00 0.68 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.20 0.00

75 703 277 516 298 154 418 187 449 434 290 403 216 275 934

0.00 0.15 0.15 0.19 0.19 0.00 0.57 0.13 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.20 0.00

62 603 276 249 186 133 78 157 272 349 274 201 152 239 955

0.00 0.20 0.16 0.39 0.38 0.26 0.91 0.24 0.24 0.21 0.00 0.19 0.06 0.29 0.00

54 611 254 323 196 170 179 140 321 433 277 197 166 332 733

0.10 0.21 0.21 0.30 0.33 0.22 0.78 0.25 0.18 0.16 0.19 0.17 0.00 0.19 0.08

0.08 0.00 0.11 0.00 0.13 0.00 0.00 0.11 0.00

351 419 482 196 270 699 352 262 999

0.09 0.00 0.11 0.00 0.12 0.00 0.00 0.09 0.00

340 273 416 280 223 816 387 306 1268

0.00 0.25 0.15 0.00 0.18 0.00 0.00 0.12 0.01

265 339 464 249 247 672 345 293 958

0.00 0.20 0.10 0.11 0.21 0.10 0.08 0.11 0.10

0.09

915

0.10

1010

0.12

815

0.00

0.20

227

0.17

180

0.29

205

0.26

38

39

Supplementary Table S5. List of somatic mutations and allele frequencies for P8. Ref: reference allele; Alt: alternative allele; RD: read depth; BAF: alternative allele frequency.

DCIS 1

Normal Start Chr position 1 25780839 1 91818691 1 153512658 1 155449416 1 165513913 1 206773121 1 222716940 2 15615983 2 26696066 2 74129583 2 2 2 2 3 3 3 3 3 3

74762428 101591350 125281951 133430880 15515527 15756165 40528870 57647253 123512526 128292524

R ef C G G C T C G A C G A G C C T G G G G A

3 4 4 5 5 5 6 6 7 7 7 7

167090661 54231471 126238304 82834322 140784813 176868788 10687245 157510871 57528700 99461188 135099929 141794570

G A C G A C G G G G G C

Primary tumor

DCIS 2

Axillary lymph node metastasis

Asynchronous metastasis

Alt G C A T C T A G T A

RD BAF RD BAF RD BAF RD BAF RD BAF RD BAF 483 0.00 260 0.40 204 0.31 381 0.25 330 0.12 217 0.39 451 0.00 271 0.40 211 0.40 325 0.23 360 0.09 280 0.01 250 0.00 171 0.37 114 0.28 143 0.23 202 0.12 117 0.32 196 0.00 140 0.36 87 0.30 125 0.26 164 0.09 76 0.37 702 0.00 1113 0.00 801 0.02 646 0.13 924 0.00 393 0.40 491 0.00 703 0.03 513 0.03 665 0.18 536 0.05 760 0.26 779 0.00 625 0.40 510 0.36 577 0.28 841 0.10 460 0.42 513 0.00 317 0.00 310 0.00 395 0.00 332 0.00 137 0.42 214 0.00 186 0.00 132 0.00 228 0.02 197 0.06 127 0.00 683 0.01 164 0.62 329 0.20 427 0.10 568 0.06 405 0.00

T A C T G A C A G

201 280 189 309 494 554 545 580 470 255 121 4 254 230 225 309 314 704 227 530 753 520 387

A G A C C A A T A T A G

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

41 50 159 203 729 470 681 331 478 250

0.70 0.78 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.38 0.00 0.43

51 101 131 146 461 299 458 263 378 186

0.58 0.51 0.11 0.00 0.05 0.18 0.07 0.37 0.00 0.40

88 149 142 202 467 445 510 461 441 268

0.38 0.42 0.00 0.00 0.00 0.17 0.00 0.22 0.10 0.25

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

1011 304 354 276 413 278 1168 182 384 610 297 490

0.38 0.00 0.00 0.01 0.03 0.22 0.00 0.00 0.38 0.38 0.43 0.00

778 246 232 195 247 238 835 135 344 456 228 353

0.34 0.08 0.00 0.00 0.18 0.10 0.00 0.00 0.33 0.34 0.31 0.07

937 267 274 214 284 376 702 153 474 442 331 400

0.28 0.00 0.00 0.00 0.19 0.06 0.00 0.00 0.29 0.33 0.29 0.00

40

208 235 135 250 576 360 478 392 433 335 129 8 339 262 244 338 261 942 232 558 709 335 442

0.10 0.15 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.12

29 42 94 96 414 178 436 294 209 213

0.75 0.64 0.00 0.29 0.00 0.40 0.00 0.22 0.41 0.36

0.10 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.00 0.09 0.08 0.10 0.00

836 203 160 142 252 384 638 78 212 279 167 239

0.38 0.00 0.23 0.26 0.30 0.00 0.17 0.26 0.30 0.31 0.25 0.00

X X X X X X

8 8 8 9 9 9

43147885 56436261 70744119 26905934 69423496 82336673

G C C T A C

A G T G G G

480 295 522 368 207 528

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

1010 471 392 290 349 378

0.00 0.00 0.31 0.33 0.00 0.00

662 349 475 209 214 315

0.00 0.01 0.08 0.34 0.00 0.00

743 295 591 191 234 341

0.00 0.16 0.05 0.34 0.00 0.14

805 368 492 324 286 517

0.00 0.05 0.06 0.08 0.00 0.00

579 115 416 52 192 86

0.12 0.41 0.00 0.71 0.07 0.63

9 9 9 9 10 10 10 11 12 12 12 12 14

115931870 118949753 125562561 139992296 50038901 51768950 102987488 100211267 29936456 55524156 105534804 123481960 24868612

G A C A C C G G C T T C C

C T A T T G C A A C G T T

394 195 96 505 319 125 462 535 303 618 831 243 583

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

366 157 67 833 532 279 816 500 406 423 573 331 725

0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.41 0.00 0.45 0.40 0.00 0.04

365 139 70 677 309 165 652 409 292 426 515 298 413

0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.02 0.00 0.35 0.01 0.37 0.33 0.00 0.19

0.19 0.00 0.00 0.11 0.17 0.15 0.00 0.28 0.12 0.30 0.31 0.16 0.26

468 217 118 697 465 173 661 573 405 695 767 295 612

0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.11 0.00 0.08 0.11 0.04 0.04

84 77 43 272 135 42 260 315 204 385 422 158 400

0.66 0.25 0.34 0.47 0.56 0.58 0.31 0.36 0.40 0.39 0.38 0.41 0.24

16 16 17 17 17 17 17 17 18 19 19 19 19 20 20 22 22

1748934 27802715 2203303 7577539 8053562 26370129 39432007 66267559 34298019 2413795 11347076 11728165 37210748 47887307 62076678 23401759 32831768 14933827 48931607 76874279 86067999 100513435 128975839

C G G G C C A G G G G C C C C G C C C C A G C

T T T A A T C A C A T G A A G T T G A G G A T

656 113 293 295 349 381 375 474 207 182 269 555 404 759 440 202 630 600 162 654 275 583 126

0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

1301 444 197 43 276 235 126 722 133 290 389 624 438 1052 743 297 536 381 195 636 264 800 93

0.00 0.00 0.05 0.71 0.02 0.00 0.14 0.00 0.41 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.36 0.34 0.00 0.00 0.00 0.03 0.30

898 329 116 68 153 227 162 516 90 231 302 415 312 790 498 244 375 358 167 440 220 490 57

0.00 0.00 0.38 0.55 0.18 0.00 0.06 0.02 0.42 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.35 0.09 0.00 0.07 0.00 0.20 0.37

273 140 79 648 324 89 686 435 320 465 516 341 579 159 0 349 242 121 317 343 237 665 147 225 298 502 385 689 521 267 370 507 234 626 188 709 83

0.00 0.00 0.31 0.44 0.00 0.00 0.00 0.10 0.25 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.12 0.07 0.28 0.05 0.00 0.00 0.00 0.21 0.27

757 226 221 200 326 302 527 522 189 243 309 465 347 935 535 252 539 438 169 524 231 599 112

0.00 0.00 0.07 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.04 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08

959 402 42 34 209 121 101 584 103 150 124 284 380 595 374 133 338 335 179 445 92 206 48

0.14 0.05 0.72 0.73 0.00 0.26 0.10 0.22 0.35 0.00 0.42 0.00 0.00 0.30 0.48 0.00 0.00 0.00 0.14 0.00 0.29 0.55 0.44

41

X 15 5 19 2 4 5 5 6 7 8 8 8 8 9 11 11 12 15 17 17 19 19

G C T C A C A G T C T G G T A A A TT C C A G 149787601 T

-

641

0.00

973

0.00

984

0.00

41862464 140476395 56736057 120005734 22422530 140222517 140559466 30920123 150647323 2830685 24813265 70515844 92008947 69420331 1264977 86126188 96076553 82574728 39431997 48433589 24116700 30935048

A G T A C A C T A T A G T G T A A C T T A T

851 53 169 173 661 74 154 357 197 385 133 584 182 178 266 473 526 626 371 479 74 252

0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00

1091 117 371 138 113 82 304 321 178 88 24 433 299 217 478 396 341 740 130 808 99 189

0.00 0.06 0.03 0.01 0.70 0.49 0.03 0.37 0.41 0.71 0.78 0.38 0.01 0.18 0.04 0.01 0.44 0.01 0.08 0.00 0.00 0.46

769 85 262 125 208 83 261 205 145 113 45 440 194 165 226 258 282 576 159 736 73 169

0.01 0.08 0.03 0.00 0.51 0.39 0.07 0.39 0.36 0.47 0.49 0.29 0.10 0.12 0.26 0.10 0.32 0.00 0.01 0.00 0.00 0.39

G T C G T G T C G C G A G A C C G T C C G C

42

100 7 105 8 85 312 169 239 91 226 243 207 196 70 443 220 173 244 289 311 548 227 785 75 220

0.04

100 2

0.02

1292

0.07

0.12 0.00 0.01 0.00 0.43 0.27 0.01 0.30 0.31 0.34 0.49 0.27 0.14 0.12 0.23 0.00 0.29 0.08 0.00 0.00 0.10 0.34

950 90 266 159 606 116 250 338 244 408 142 568 202 226 344 397 504 624 494 656 84 246

0.00 0.05 0.03 0.00 0.11 0.15 0.07 0.08 0.09 0.11 0.16 0.12 0.03 0.02 0.07 0.00 0.10 0.00 0.02 0.00 0.00 0.12

440 78 596 56 130 87 266 225 86 64 23 228 159 136 173 277 278 216 92 1188 86 199

0.25 0.11 0.05 0.44 0.63 0.44 0.05 0.33 0.39 0.75 0.65 0.48 0.21 0.18 0.45 0.00 0.35 0.52 0.06 0.08 0.00 0.36

19 19 21 22 X

44302674 56284464 33687409 46725284 30739000

C A G A G

T G C T T

465 430 213 486 309

0.00 0.01 0.00 0.00 0.00

659 636 225 745 399

0.00 0.05 0.00 0.00 0.00

43

528 598 154 526 318

0.00 0.06 0.00 0.00 0.00

465 450 195 643 493

0.00 0.02 0.12 0.00 0.06

560 609 217 561 376

0.00 0.04 0.00 0.00 0.00

446 1123 113 1205 131

0.21 0.06 0.22 0.07 0.49


Normal Chr 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2

Start position 9416392 12855774 12921214 14108087 16578007 22927921 55167779 65871793 74957838 79095577 146766150 151131580 155005648 157488547 161017939 208061249 214537889 217793431 226180662 233807148 248402975 7027068 21231975 37268311 63272627 68772386 80101241 86327278 103141525 107039712 118582249 122005784 136594315

Ref C A C C T C G G G G G C C C G G G C T G G G C C C G G G G C G C C

Alt T G G T C T A A A C A T T A A A A T G C A A T G T A A T A T A T T

RD 70 581 676 152 93 88 245 336 283 357 550 362 426 281 70 66 206 444 336 222 260 422 481 419 360 355 117 317 465 300 354 132 423

Primary tumor

ALN metastasis

Asynchronous metastasis

BAF RD BAF RD BAF RD 0.00 179 0.00 130 0.00 0.00 1380 0.05 1200 0.04 0.00 1511 0.00 1274 0.00 0.00 241 0.00 157 0.00 0.00 116 0.44 145 0.09 0.00 135 0.36 198 0.05 0.00 528 0.14 601 0.00 0.00 602 0.17 594 0.07 0.01 444 0.06 446 0.07 0.01 681 0.00 575 0.00 0.00 871 0.10 947 0.00 0.00 434 0.43 655 0.09 0.00 929 0.06 779 0.11 0.01 365 0.09 440 0.00 0.00 227 0.04 145 0.07 0.00 139 0.09 103 0.00 0.00 186 0.41 314 0.06 0.00 951 0.00 831 0.00 0.00 373 0.41 492 0.09 0.00 415 0.00 315 0.07 0.00 487 0.00 421 0.00 0.00 717 0.00 686 0.05 0.00 940 0.05 919 0.06 0.00 752 0.00 551 0.00 0.00 555 0.00 445 0.00 0.00 481 0.16 541 0.07 0.00 234 0.00 189 0.00 0.00 335 0.40 481 0.08 0.00 768 0.09 737 0.00 0.01 757 0.05 618 0.04 0.01 465 0.10 505 0.00 0.00 220 0.11 223 0.00 0.00 609 0.28 788 0.00

44

BAF 110 1118 1020 184 127 124 561 582 443 519 1158 541 977 470 184 158 252 956 528 426 450 624 1096 494 419 677 184 437 801 764 711 215 494

0.13 0.03 0.16 0.14 0.22 0.33 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.36 0.12 0.22 0.00 0.08 0.00 0.00 0.12 0.13 0.00 0.13 0.25 0.00 0.05 0.00 0.00 0.34

2 2 2 2 2 2 2

163000611 168114757 168114936 168115358 170780478 198266834 201873785

2 2 2 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 4 4 4 4 4 4 4 4 4 5 5 5 5 5 5 5

204039992 204591542 242545862 4878533 12854853 44674066 50214225 111793232 178952085 193062840 195507196 195507218 195507484 195507698 195508924 46043205 57189672 71507891 87683914 99397431 113507612 123329098 151773611 162306909 55237115 55250653 71492532 79028961 140083545 140216151 140229446

C G G G C T C TCC AA CTT CA GA GT G C C G G G G C A C G G G G G C C G G T G G G C T G C C C C G

G A A C T C G

308 620 412 374 765 493 575

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

477 1000 651 622 1158 435 909

0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.42 0.06

431 891 462 545 1135 574 767

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.10

402 652 387 378 877 446 883

0.00 0.16 0.14 0.15 0.15 0.33 0.00

G G A C C C G G A C C C C T G T A T C C C A T A A G G G G A

212 533 225 424 282 365 327 482 614 251 751 787 257 369 237 368 201 519 376 326 442 523 386 450 482 543 332 330 556 249 181

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

237 875 393 481 543 341 453 581 472 891 1959 2019 1025 833 959 433 200 725 538 598 499 760 560 286 444 745 376 486 763 490 378

0.31 0.06 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.75 0.06 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.00 0.00 0.08 0.00 0.00 0.22 0.00 0.00 0.48 0.42 0.15 0.41 0.07 0.00 0.00 0.00

271 755 421 410 402 525 631 584 791 429 1760 1847 954 783 746 534 317 638 619 589 586 794 636 655 884 763 465 481 678 477 440

0.04 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.00 0.16 0.15 0.14 0.13 0.16 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.08 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

300 856 437 410 395 411 398 555 651 681 2409 2492 1295 1026 1050 274 145 572 380 397 455 652 516 633 706 848 444 473 652 378 367

0.13 0.00 0.00 0.13 0.08 0.18 0.21 0.13 0.59 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.22 0.00 0.21 0.17 0.14 0.17 0.19 0.14 0.28 0.00 0.31 0.00 0.15 0.16 0.15

45

5 5 5 5 5 5 6 6 6 6 6 6 6 7 7 7 7 7 7 7 8 8 8 8 8 9 9 9 10 10 10 10 10 10 10 11 11 11 11 11 11 11 12

140256909 140562571 140562661 147040771 173317553 178044362 70049340 97423877 117114236 117665339 124604274 126278203 144093466 4107484 27169038 39504038 50595917 119915658 130417935 138344684 25323826 68062089 86121594 103297469 110408352 15453071 91159414 123931922 17746511 33552577 73461953 75549732 79603434 102058318 115338409 10555623 12263906 65402457 93430735 93431235 103059317 123480940 6172182

G G C C C T T C C G C C C G G G G G G G G A C G G G C T C C G C G C G C C C C C G G G

A T T A T A A T A T T T T A A A A C A A A G C A A A C G T A T C T A T T T T G T A A

181 439 511 526 344 504 318 279 429 433 857 220 188 255 176 266 218 379 97 288 322 605 267 419 248 556 370 306 314 165 327 212 356 214 330 690 322 460 430 531 515 271 211

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00

373 579 625 995 605 505 476 259 646 591 1561 254 216 408 154 405 300 636 138 410 184 1108 490 782 349 872 108 296 330 191 739 438 689 247 628 817 340 654 84 121 69 400 503

46

0.00 0.30 0.29 0.00 0.05 0.42 0.10 0.40 0.00 0.12 0.09 0.43 0.30 0.00 0.37 0.15 0.05 0.00 0.27 0.09 0.19 0.00 0.04 0.00 0.00 0.10 0.82 0.00 0.39 0.40 0.00 0.07 0.17 0.40 0.13 0.10 0.46 0.44 0.80 0.75 0.79 0.00 0.02

385 856 937 1020 392 795 505 391 632 603 1692 397 285 435 253 469 281 557 156 471 325 733 290 616 221 1112 615 370 430 258 696 410 708 357 583 775 607 948 574 743 565 516 398

0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.10 0.07 0.08 0.05 0.00 0.00 0.08 0.07 0.00 0.00 0.06 0.07 0.10 0.08 0.08 0.00 0.08

303 802 817 769 385 517 554 365 632 671 2036 304 243 295 159 280 284 366 100 355 179 599 343 515 232 1108 386 402 410 203 631 418 884 335 625 761 381 740 349 488 269 300 495

0.21 0.15 0.14 0.18 0.00 0.35 0.00 0.26 0.14 0.00 0.00 0.29 0.18 0.19 0.35 0.34 0.00 0.23 0.22 0.00 0.00 0.16 0.00 0.11 0.09 0.00 0.44 0.00 0.27 0.30 0.14 0.00 0.00 0.18 0.00 0.00 0.34 0.29 0.37 0.35 0.38 0.18 0.00

12 12 12 12 12 12 12 12 13 13 14 14 15 15 15 15 16 16 16 16 17 17 17 17 17 17 17 18 18 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 20 20

39701482 48073341 53552324 72017347 108634180 109972453 111926308 118590088 28127448 103419763 65220495 67807157 41071787 41688993 62939594 91304097 1278703 84199538 88502012 88502288 7578203 13399603 27014467 33510574 38953457 73808362 74395040 10742567 71930652 9073848 10418951 17370132 17370231 17370816 22157223 37100839 45728161 49639166 55105939 56175087 56952557 3128912 34025432

G G C C G G C C C C G C G C G G G G G G C C G G G G G C C G C C C C C C C G C A T G C

A C G G A C T G T A T G A G C C T C C A T T A C A A A A G A T T G G T T T A T G A C T

437 205 174 264 325 223 450 203 258 271 257 644 147 322 356 289 145 360 50 143 437 167 141 152 286 106 243 548 378 231 162 190 238 123 374 370 229 66 192 418 423 299 121

0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

775 259 327 389 426 463 703 376 256 266 224 837 233 495 668 515 452 256 56 151 121 229 263 230 485 245 605 486 923 413 305 485 590 304 416 355 336 143 376 928 726 479 170

47

0.05 0.03 0.00 0.00 0.41 0.00 0.11 0.07 0.06 0.00 0.53 0.11 0.09 0.08 0.16 0.08 0.00 0.10 0.22 0.18 0.79 0.00 0.25 0.09 0.20 0.00 0.00 0.14 0.04 0.07 0.42 0.00 0.00 0.00 0.00 0.38 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.35

630 183 295 261 593 415 659 313 384 339 475 961 157 501 668 368 374 369 109 264 644 288 347 216 462 216 552 937 587 411 416 417 489 240 419 532 357 114 321 748 740 389 210

0.08 0.05 0.00 0.08 0.07 0.00 0.00 0.09 0.00 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.09 0.00 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.11 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06

763 287 267 346 505 394 721 405 346 221 322 958 174 434 810 380 451 338 106 238 376 201 213 280 581 198 510 893 547 477 369 410 495 220 501 382 468 107 284 795 713 368 213

0.00 0.00 0.11 0.00 0.32 0.15 0.00 0.00 0.00 0.22 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00 0.37 0.20 0.30 0.00 0.00 0.15 0.14 0.00 0.00 0.00 0.27 0.12 0.12 0.10 0.00 0.41 0.00 0.11 0.14 0.12 0.13 0.15 0.23

20 20 20 21 21 22 22 22 22 22 X X 1 3 5 7 9 10 11 12 12 15 16 18 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 3

48130881 57429238 58330242 34929479 44485526 20104408 21066893 29445460 36116702 47086067 102337762 153640464 152282857 195513680 140516858 82586170 37493637 104596925 6898196 12814733 31243026 51791529 31139437 13734485 12855644 17264148 21133953 23885621 24409183 26386768 38338809 53542907 64059204 145295460 150414424 160267149 27706234 65540968 74641552 85820199 113333075 242192385 46307387

G A G G C C C C G C C T C A C A G G C G C G G C A G C G C G G G G G G C C C G C C C G

A T A A T T T G A T T A T T G G A A G T A T A T G T T A T T C T A A A T A T A T T T A

355 295 418 185 291 119 84 77 262 226 327 308 230 190 120 382 389 162 253 314 78 491 393 321 308 248 83 225 249 195 307 483 350 771 345 485 375 174 115 331 425 119 291

0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

759 738 472 137 320 302 209 172 489 454 261 417 636 717 223 478 533 415 363 557 157 636 887 2156 953 522 147 538 603 231 589 703 487 1394 503 738 564 351 219 836 714 295 253

48

0.00 0.11 0.41 0.54 0.53 0.13 0.00 0.02 0.00 0.14 0.23 0.24 0.00 0.07 0.10 0.09 0.00 0.09 0.06 0.06 0.05 0.06 0.13 0.06 0.06 0.11 0.00 0.00 0.00 0.37 0.07 0.45 0.39 0.09 0.09 0.03 0.00 0.00 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00

775 750 678 241 530 246 195 116 462 431 426 876 469 747 243 563 528 390 416 513 151 669 922 521 860 478 102 490 442 344 606 1121 705 1371 341 596 384 313 182 582 678 221 391

0.00 0.00 0.06 0.07 0.07 0.00 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.09 0.07 0.00 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.10 0.00 0.06 0.00

820 764 598 184 480 229 189 143 402 416 418 706 482 846 276 484 454 366 412 618 138 857 1021 472 798 479 61 339 356 207 513 955 413 1446 401 746 363 330 263 774 776 227 288

0.13 0.00 0.27 0.21 0.17 0.00 0.14 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.14 0.04 0.00 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.21 0.17 0.17 0.29 0.00 0.19 0.30 0.00 0.00 0.00 0.12 0.15 0.00 0.00 0.11 0.00 0.17

4 4 5 5 6 7 7 7 7 8 9 9 9 10 10 11 11 11 12 12 13 14 14 14 14 15 15 15 16 17 17 17 19 19 19 19 20 20 20 21 22 22 22

66467417 153562088 6620341 140306933 108582093 43477679 43916353 93090184 111487112 23563980 32542006 131360684 140007546 43088106 81373501 6646447 55861458 124180285 48440187 131466598 49039214 24546188 56645167 74086147 90651056 23811550 35045438 52486210 31539490 8051519 55183170 59853816 35512451 40704352 45821086 56244036 4162792 30457386 62192819 38117319 29445390 35734736 37492072

C G C C C C C G C C C G G G C G G G G C G G G C C T G C C G A T G C G C C G C C C C G

A A T T G A T T T G T C A C T A T T A T C A A T T A A T T A G C A T C T T C T T G T A

92 281 125 185 166 362 261 356 573 141 545 355 400 436 138 117 268 228 402 190 171 79 178 440 393 165 174 309 293 400 409 531 200 300 385 325 116 359 153 414 94 100 341

0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00

123 202 163 216 296 636 425 468 401 172 1026 332 94 644 227 184 287 287 567 416 116 123 274 609 665 426 421 583 338 472 634 770 397 314 1001 892 290 1019 248 686 199 244 471

49

0.00 0.47 0.00 0.29 0.12 0.00 0.11 0.05 0.47 0.08 0.08 0.10 0.81 0.00 0.00 0.00 0.27 0.10 0.10 0.08 0.06 0.25 0.00 0.14 0.13 0.00 0.00 0.11 0.41 0.06 0.15 0.11 0.00 0.48 0.00 0.05 0.05 0.00 0.45 0.32 0.05 0.00 0.40

158 341 159 319 326 639 450 560 853 339 795 447 653 597 203 147 346 257 537 343 199 125 270 754 964 362 360 572 465 735 547 733 379 418 845 626 255 1025 345 828 135 207 613

0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.10 0.00 0.00 0.07 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.00 0.09 0.00 0.00 0.09 0.00 0.09 0.10 0.00 0.08 0.09 0.09 0.00 0.10

129 287 162 232 328 515 441 581 685 144 1027 408 330 591 201 158 269 210 573 449 193 124 218 754 912 333 282 615 453 679 677 887 349 430 706 758 300 1106 278 611 190 177 500

0.07 0.15 0.16 0.19 0.00 0.18 0.00 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.40 0.13 0.17 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.14 0.00 0.00 0.18 0.18 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.14 0.17 0.13 0.00 0.00 0.11 0.33 0.31 0.00 0.17 0.29

22 X X

39381990 G 43590619 G 46434206 G

A C A

357 371 189

0.00 0.00 0.00

1022 395 286

50

0.00 0.11 0.00

858 521 377

0.09 0.00 0.00

1003 490 274

0.00 0.00 0.20

Supplementary Table S7. List of somatic mutations and allele frequencies for P15. Ref: reference allele; Alt: alternative allele; RD: read depth; BAF: alternative allele frequency.

Normal Chr Start position 1 46978038 1 228336153 2 128262275 4 187628104 5 169673042 6 4099327 6 74228891 6 123101438 7 21934326 8 10555330 9 137017107 10 75526139 11 111228436 11 118235870 12 6182868 12 58217489 15 45270692 15 59175976 16 31425892 17 7979527 17 61972843 18 7043334 18 22806228 18 50278483 20 44672550 20 57611558 22 42910779 X 103294850 X 105189978 7 137773384 15 80743272 2 189868848 3 9979774 4 110865202

Ref

Alt RD

C C C C AGAA C G G G G G CAAA A C A C G C G C G A G TCAGTCCT A C G C C G C C

T G T A A G A T A A A T G T G G T T A G T G A T G T A T A T G

BAF 171 83 311 171 357 283 231 272 361 134 143 186 132 95 100 138 166 168 181 84 132 414 261 261 149 158 204 65 335 206 269 87 140 232

Primary tumor RD AD

DP

BAF

0.00 85 207 292 0.71 0.00 146 87 233 0.37 0.00 868 50 918 0.05 0.00 332 38 370 0.10 0.00 778 153 931 0.16 0.00 406 194 600 0.32 0.00 369 228 597 0.38 0.00 454 54 508 0.11 0.00 446 194 640 0.30 0.00 110 68 178 0.38 0.00 204 65 269 0.24 0.00 211 108 319 0.34 0.01 127 66 193 0.34 0.00 60 26 86 0.30 0.00 167 95 262 0.36 0.01 219 145 364 0.40 0.00 182 0 182 0.00 0.00 228 91 319 0.29 0.00 435 80 515 0.16 0.00 86 71 157 0.45 0.00 185 117 302 0.39 0.00 546 407 953 0.43 0.00 386 249 635 0.39 0.00 493 0 493 0.00 0.01 419 1044 1463 0.71 0.00 1610 99 1709 0.06 0.00 413 258 671 0.38 0.00 80 26 106 0.25 0.00 477 135 612 0.22 0.00 342 20 362 0.06 0.01 652 52 704 0.07 0.00 91 25 116 0.22 0.01 151 106 257 0.41 0.00 250 135 385 0.35

51

Asynchronous metastasis RD BAF 382 189 944 329 773 389 521 509 581 262 291 266 274 129 237 303 123 286 280 123 290 841 574 361 310 471 603 96 550 345 732 114 206 309

0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.04 0.00 0.04 0.06 0.00 0.06 0.06 0.08 0.07 0.00 0.10 0.07 0.05 0.06 0.05 0.31 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03

5 9190575 G 5 140573991 G 7 151945313 A 9 43626815 G 10 93744 T 10 5014488 C 10 51465097 G 11 68682452 G 21 46011298 G X 3228936 G

A C G A C T A A A A

377 57 465 93 531 67 63 176 100 176

0.00 525 0.00 194 0.01 2778 0.01 255 0.01 3144 0.00 252 0.00 735 0.00 230 0.02 170 0.00 245

52

273 798 0.34 18 212 0.08 180 2958 0.06 25 280 0.09 173 3317 0.05 24 276 0.09 61 796 0.08 146 376 0.39 14 184 0.08 156 401 0.39

724 142 2882 191 2770 198 577 335 153 314

0.03 0.06 0.05 0.07 0.03 0.03 0.09 0.04 0.07 0.06


P 46

Chr 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2

Start position 6150470 12516111 24432473 46049852 53990545 59148013 74671116 90482919 145296448 150667263 152285414 152325342 155034383 156280855 158450340 161496182 173915664 184764838 186283131 197169035 205241220 220145434 236751250 23977614 29297015 29416462 44565513 71337101 71371600 88387524

Normal

Ref G G C G G G G G T C G C G C C A G C C G T G C A C G C C C C

Alt C C T A A C A A T C G T G T T A G T A C A G G A T A G T T

RD

DCIS

BAF 351 431 169 238 350 415 360 852 473 516 209 125 281 368 493 287 403 397 483 469 262 445 645 319 227 233 629 406 617 676

53

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Primary tumor

ALN metastasis

RD BAF RD BAF RD BAF 500 0.04 393 0.15 424 0.24 524 0.11 536 0.00 530 0.00 137 0.23 128 0.16 117 0.22 100 0.08 113 0.20 73 0.40 379 0.23 326 0.25 258 0.36 409 0.04 367 0.18 200 0.39 271 0.23 283 0.23 146 0.38 724 0.20 801 0.23 494 0.34 1864 0.05 1844 0.07 1632 0.05 439 0.13 588 0.01 472 0.00 834 0.19 807 0.18 574 0.24 235 0.19 212 0.19 148 0.29 471 0.05 429 0.16 326 0.25 586 0.15 685 0.01 635 0.00 639 0.03 549 0.14 380 0.24 391 0.03 305 0.17 255 0.30 350 0.19 454 0.15 317 0.25 913 0.02 661 0.14 511 0.25 297 0.01 321 0.09 233 0.18 361 0.05 346 0.14 262 0.27 409 0.11 507 0.00 413 0.00 567 0.08 692 0.00 637 0.00 513 0.17 627 0.16 486 0.25 162 0.22 217 0.18 159 0.25 356 0.15 313 0.14 273 0.20 184 0.23 216 0.15 166 0.23 589 0.02 547 0.15 411 0.29 309 0.04 270 0.17 217 0.26 750 0.04 697 0.15 531 0.26 781 0.03 570 0.17 488 0.29

2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 4 4 4 4 4 4 4 5 5

97270109 98164186 112638389 114257443 135711268 152289706 152374876 157406158 158275044 166183453 170493353 179510706 179548791 182542737 202552076 210856936 234243710 234621681 234669166 240969158 33638227 53839140 64599049 77626741 113684043 126202249 132389843 151163758 169540551 172674584 178916924 179291217 195780321 195791270 7043264 48165756 106317482 109822324 129782960 130027752 151505032 26881664 33455774

G C T A G G G C G G G G C G C C C G C G C C G G C C C C C C CAGTAG C C C C C G T C C G

C T C C C T C G C T C G C T A G T T T G G A C G G G G G T G T G T T C C G T ACACCC T T

157 430 515 125 523 413 462 227 782 439 629 377 255 279 116 265 229 289 482 457 297 199 365 289 393 463 715 515 538 411 967 687 532 149 494 658 459 194 296 810 1170 540 534

54

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

200 219 495 304 506 377 670 392 425 707 489 355 247 408 79 443 293 401 599 450 167 368 338 337 498 1114 656 1186 318 575 530 715 1099 134 372 595 255 118 465 640 699 1042 565

0.19 0.17 0.18 0.06 0.04 0.05 0.05 0.03 0.18 0.10 0.11 0.13 0.02 0.06 0.29 0.02 0.07 0.02 0.49 0.08 0.07 0.15 0.06 0.03 0.03 0.04 0.10 0.02 0.14 0.15 0.42 0.02 0.06 0.04 0.06 0.07 0.06 0.22 0.03 0.31 0.07 0.15 0.13

204 266 543 275 491 405 619 365 414 586 680 434 216 341 109 313 257 271 596 591 218 368 271 312 514 790 959 1152 273 759 623 823 938 145 368 706 281 122 352 780 697 888 567

0.23 0.18 0.17 0.04 0.18 0.19 0.17 0.14 0.17 0.01 0.01 0.02 0.18 0.00 0.03 0.10 0.00 0.11 0.35 0.00 0.00 0.01 0.00 0.18 0.11 0.22 0.00 0.12 0.23 0.10 0.46 0.11 0.20 0.22 0.18 0.00 0.23 0.23 0.19 0.24 0.21 0.32 0.14

150 188 394 256 391 247 427 262 336 576 476 350 156 308 89 290 210 204 357 499 181 261 247 216 450 770 870 1063 276 591 390 755 834 90 226 383 117 62 236 511 450 790 651

0.25 0.20 0.27 0.03 0.19 0.29 0.26 0.24 0.24 0.00 0.00 0.00 0.24 0.00 0.00 0.21 0.00 0.24 0.55 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.15 0.28 0.00 0.14 0.30 0.19 0.65 0.16 0.33 0.33 0.33 0.00 0.42 0.33 0.36 0.32 0.36 0.37 0.15

5 5 5 5 5 5 5 5 5 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6

40981620 44811182 52954410 79732913 130840440 140710657 142435604 150945353 168671716 12122261 12294615 17637542 26156937 27783109 30653372 32017844 32790075 32945918 33245680 33288573 36943459 42796307 49425547 53379122 56437730 70071207 70990717 73751765 80746257 84930880 87725534 90453342 116720684 128302332 128505754 133844306 135787091 136597038 136710508 136990456 139159581 139487726 139568989

G C C G C G G G C G G G C G C A C G G G C C C C G G G G G C G C C C C A T G C T C C C

C G T T T C A C G C C C A C G G T T A A G G T G A A T C C T A G G G G G C A T C A G G

329 604 445 465 417 335 626 377 267 316 473 350 140 533 317 451 869 210 264 530 331 483 355 401 434 634 152 523 451 659 431 376 347 361 374 448 378 525 231 532 329 286 612

55

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

792 573 566 689 292 411 582 682 109 382 694 339 74 423 713 467 749 159 322 518 547 831 394 418 509 875 296 673 480 676 629 489 428 617 599 963 526 742 264 904 669 608 1146

0.12 0.03 0.11 0.06 0.19 0.03 0.33 0.02 0.36 0.16 0.01 0.13 0.09 0.03 0.04 0.17 0.08 0.12 0.14 0.15 0.02 0.02 0.13 0.04 0.13 0.16 0.12 0.14 0.11 0.09 0.03 0.03 0.02 0.03 0.10 0.02 0.11 0.03 0.03 0.06 0.02 0.01 0.09

698 566 641 720 253 311 666 391 158 394 858 370 79 415 570 431 1022 228 250 488 510 713 434 457 566 937 285 818 586 769 607 464 424 594 636 834 630 717 271 989 798 504 1282

0.13 0.14 0.12 0.00 0.19 0.20 0.23 0.19 0.16 0.13 0.09 0.13 0.14 0.12 0.15 0.13 0.00 0.14 0.20 0.15 0.10 0.17 0.14 0.10 0.13 0.16 0.01 0.15 0.01 0.13 0.14 0.14 0.10 0.10 0.15 0.09 0.09 0.11 0.13 0.10 0.08 0.10 0.08

673 511 589 713 144 223 451 276 79 314 560 313 93 287 606 407 913 163 308 408 414 587 381 403 469 782 352 593 581 697 536 451 400 535 516 984 568 633 257 1013 706 572 1278

0.15 0.17 0.25 0.00 0.34 0.30 0.35 0.35 0.41 0.22 0.18 0.18 0.15 0.22 0.17 0.23 0.00 0.16 0.18 0.23 0.19 0.23 0.20 0.19 0.23 0.20 0.00 0.22 0.00 0.19 0.19 0.19 0.15 0.18 0.17 0.10 0.11 0.17 0.13 0.10 0.13 0.09 0.11

6 6 6 6 6 6 6 6 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 9 9 9 9 9 9 9 10 10 10 10 10 10 10

143074552 146239311 146993435 152554975 155578001 155578045 155751994 161527605 6182608 6561128 11676470 21945150 34724246 91632268 91690613 94228205 99306707 104703929 117432354 17838154 22475022 42036512 42050647 54906316 55539174 68152455 124346447 125527994 144652781 33472295 74355039 99522522 125639795 139658186 139840549 140151397 5967338 8007253 17271827 18803274 26417386 26830582 28899733

G G G C G C C G G G C G G G G C G C C G G G G C C G C G C C C G C C G C C G G G T G C

C A A G T A T C A C G C C A A G A G T C C C C G G C A T G G G T T T A T G A C C A C G

766 569 287 391 689 604 435 517 387 332 384 432 241 531 637 475 221 318 298 420 314 294 328 331 467 439 477 763 607 267 314 680 632 234 441 313 267 501 351 465 390 582 623

56

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

868 713 517 626 1474 1437 2151 1492 582 449 440 681 237 416 532 330 231 322 467 223 258 371 408 381 474 443 590 946 941 397 492 1102 1078 139 444 314 375 858 437 509 552 917 976

0.09 0.02 0.02 0.11 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.11 0.08 0.01 0.15 0.20 0.14 0.19 0.22 0.06 0.01 0.05 0.22 0.03 0.02 0.01 0.16 0.14 0.04 0.15 0.16 0.15 0.04 0.05 0.02 0.43 0.03 0.11 0.04 0.06 0.12 0.02 0.06 0.02 0.08

973 1012 710 742 1587 1644 2470 2091 628 474 507 439 242 449 857 391 202 381 422 242 301 379 428 371 608 640 619 1043 997 367 496 1205 993 136 322 275 379 1200 516 727 730 1155 1160

0.08 0.07 0.07 0.09 0.01 0.01 0.05 0.06 0.14 0.00 0.00 0.13 0.13 0.21 0.01 0.23 0.20 0.00 0.08 0.21 0.01 0.08 0.10 0.18 0.00 0.00 0.11 0.23 0.16 0.12 0.14 0.00 0.10 0.32 0.13 0.15 0.17 0.00 0.11 0.12 0.06 0.08 0.10

917 941 702 735 1740 1737 2851 2008 390 427 365 426 190 297 515 208 136 274 367 67 215 358 391 228 522 483 651 853 1115 376 414 1181 759 107 295 270 329 1416 594 519 786 1226 1070

0.11 0.12 0.11 0.09 0.07 0.06 0.07 0.07 0.24 0.00 0.00 0.22 0.23 0.37 0.00 0.40 0.30 0.00 0.00 0.57 0.00 0.12 0.14 0.30 0.00 0.00 0.17 0.34 0.19 0.19 0.21 0.00 0.21 0.45 0.24 0.20 0.14 0.00 0.13 0.16 0.09 0.10 0.14

10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 12 12 12 12 12 12 12 12 12 12 12 12 12 12 12 12 12 12 12 12 12

28899733 28903611 37506650 53667328 60577352 61665978 70404729 99214527 105939634 129846082 788159 18111013 27378985 48510647 71724307 73625460 74345660 76996233 103029408 108043757 123900793 126135714 2908310 8077019 9259138 27180324 32786542 41966808 42729736 45173499 47471653 57537563 58140016 58201238 64814030 72955982 76425090 77203578 86373975 95603492 105260249 105534156 106821074

C C GAG G C C G C C G C C C C G G C C G C C G G C G G G G G A G C G G G C C C G G C G

T T A G T G C G G A T G G G A C G G A G G C C T A C C C C G A G C A A G T G A A G C

631 648 910 414 345 196 676 243 487 389 243 295 611 295 151 329 388 553 464 324 190 270 280 447 343 631 264 335 583 488 688 77 706 380 202 669 274 489 455 416 358 653 574

57

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

1234 1344 646 395 350 196 513 230 635 431 371 339 436 337 177 538 534 725 302 251 234 366 339 462 494 1289 515 917 878 1014 2320 159 832 543 464 1656 707 891 875 556 259 957 835

0.11 0.11 0.12 0.05 0.26 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.05 0.03 0.04 0.06 0.02 0.04 0.08 0.02 0.03 0.05 0.15 0.15 0.28 0.25 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.02 0.05 0.06 0.03 0.07 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.06 0.02 0.03 0.05

1452 1550 1246 380 402 172 518 231 543 349 168 288 388 223 140 600 661 570 259 261 251 445 296 539 412 1124 599 774 1122 896 2165 154 767 511 559 1755 838 794 834 714 342 1053 1131

0.11 0.11 0.11 0.18 0.20 0.18 0.19 0.23 0.11 0.22 0.29 0.20 0.25 0.19 0.08 0.08 0.00 0.14 0.17 0.15 0.01 0.01 0.23 0.20 0.00 0.11 0.10 0.09 0.00 0.08 0.05 0.13 0.14 0.00 0.13 0.09 0.01 0.10 0.11 0.01 0.06 0.12 0.00

1274 1391 905 230 208 107 273 116 471 249 68 161 231 131 136 541 605 527 186 160 213 447 233 280 297 1008 513 740 1032 990 2338 144 675 538 605 1784 883 827 832 694 283 1014 996

0.12 0.11 0.18 0.31 0.41 0.39 0.37 0.38 0.01 0.36 0.60 0.35 0.41 0.38 0.17 0.18 0.00 0.18 0.31 0.39 0.00 0.00 0.35 0.36 0.11 0.17 0.14 0.14 0.00 0.09 0.06 0.14 0.20 0.00 0.16 0.12 0.09 0.15 0.14 0.00 0.13 0.14 0.00

12 12 12 12 13 13 13 13 13 13 13 13 13 13 14 15 15 15 15 15 15 15 15 16 16 16 16 16 16 16 16 16 16 16 17 17 17 17 17 17 17 17 17

123047215 124303551 132629472 133220503 34399960 36905672 41333148 43500517 52707919 53313788 77785332 96579335 96601606 100635089 101349370 40683705 51507930 63089477 75652979 82336165 84685134 89073905 89453088 4910966 5140312 8736061 11945311 55727968 61747806 67006596 67178755 68358733 86602303 90106831 10305036 11984833 19319105 19861735 42399135 42477211 48694894 63534409 71468283

T C G C G C T T C C C G G C C G C G G G G G C G C G G G G G C G C G C C C C C C G A

G G T G C A C A T T G A A G G T T A A A C C T C G A C C C C G C A C G TATT G G T T A A C

741 359 391 321 585 384 233 441 309 275 619 342 229 250 115 429 550 136 73 600 315 303 393 120 331 400 162 348 523 132 223 248 234 313 427 328 330 527 333 231 275 350 276

58

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

1397 986 925 1144 522 1037 172 361 240 421 342 236 103 242 174 469 583 125 87 425 344 318 738 168 655 620 164 389 593 275 370 278 356 372 578 100 1069 1446 290 302 328 657 307

0.12 0.02 0.02 0.02 0.28 0.01 0.22 0.25 0.06 0.05 0.41 0.05 0.20 0.04 0.05 0.03 0.20 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.09 0.03 0.06 0.04 0.01 0.20 0.31 0.14 0.06 0.03 0.03 0.03 0.05 0.44 0.02 0.01 0.05 0.03 0.12 0.18 0.15

1854 884 991 1059 745 1115 195 361 252 391 326 231 127 244 110 473 610 118 74 423 270 246 771 170 656 618 207 418 592 285 430 270 253 303 461 145 883 1509 186 326 277 597 261

0.13 0.10 0.09 0.10 0.28 0.07 0.22 0.24 0.18 0.01 0.24 0.20 0.20 0.21 0.20 0.19 0.17 0.13 0.20 0.03 0.17 0.17 0.00 0.13 0.06 0.17 0.16 0.18 0.30 0.00 0.00 0.17 0.17 0.21 0.19 0.32 0.12 0.06 0.20 0.18 0.15 0.16 0.14

1736 904 1127 1048 584 1081 97 251 119 309 211 160 92 163 65 212 523 76 56 225 159 176 663 126 571 473 168 257 498 267 327 169 224 187 259 33 933 1573 127 156 272 566 258

0.14 0.14 0.13 0.14 0.37 0.08 0.40 0.36 0.42 0.00 0.38 0.29 0.21 0.36 0.36 0.39 0.26 0.30 0.40 0.35 0.39 0.29 0.00 0.22 0.06 0.28 0.24 0.36 0.39 0.00 0.00 0.28 0.26 0.29 0.29 0.76 0.15 0.10 0.37 0.38 0.12 0.23 0.17

17 17 18 18 18 18 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 19 20 20 20 20 20 21 21 21 21 21 22 22 22

74392387 80042741 2606483 19095513 32833605 51820508 1820367 2834682 5621365 8145962 8591716 9801422 12691855 15280938 15760796 20117467 37309910 38380719 38959760 40364363 41019431 45448421 46838234 48919307 49224168 50204090 51645894 54613474 54973574 55756544 5170827 30365363 35627291 57276205 57769246 34927032 36171710 36252965 40778461 43291672 30765478 30822725 32754218

C C G G G G C G C G C C G C C C C C G G C C G G C C G G C C C C C C C C C C G G G

G T A C C T G C G T G G C G G G T A A C T A T A T G A A G T T G G G G T T CAC G G T A T

289 295 786 345 388 343 296 149 512 273 568 221 440 164 316 603 573 319 171 422 519 362 248 558 102 174 228 457 249 382 335 386 411 84 284 642 436 448 486 321 341 173 212

59

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

549 450 294 549 267 291 419 148 545 450 573 234 493 454 773 561 948 597 303 629 717 457 353 484 70 252 296 872 409 581 383 544 654 90 697 552 709 401 397 665 628 324 626

0.02 0.23 0.05 0.02 0.20 0.01 0.20 0.06 0.14 0.01 0.02 0.10 0.04 0.20 0.01 0.03 0.03 0.14 0.16 0.00 0.07 0.08 0.18 0.26 0.03 0.02 0.03 0.11 0.12 0.03 0.20 0.14 0.02 0.08 0.02 0.04 0.13 0.29 0.15 0.02 0.02 0.18 0.01

449 359 291 513 336 292 433 129 552 395 509 230 555 489 726 592 502 783 334 441 409 567 490 438 52 202 255 980 507 442 425 688 585 120 541 552 733 545 464 492 474 335 430

0.13 0.17 0.19 0.16 0.16 0.11 0.29 0.22 0.01 0.12 0.10 0.18 0.13 0.02 0.01 0.12 0.20 0.12 0.11 0.02 0.00 0.00 0.02 0.23 0.19 0.14 0.22 0.00 0.01 0.14 0.19 0.12 0.12 0.00 0.12 0.12 0.13 0.30 0.09 0.13 0.11 0.14 0.16

406 430 189 366 298 260 354 64 445 328 436 209 529 482 593 355 343 728 375 254 326 472 401 300 39 156 135 964 481 429 306 441 499 126 535 512 668 388 405 389 448 273 425

0.20 0.22 0.37 0.25 0.25 0.12 0.41 0.50 0.00 0.17 0.20 0.19 0.17 0.00 0.11 0.28 0.32 0.14 0.13 0.29 0.00 0.00 0.00 0.39 0.29 0.03 0.46 0.00 0.00 0.17 0.29 0.22 0.19 0.01 0.20 0.17 0.17 0.33 0.19 0.21 0.17 0.28 0.17

22 22 22 X X X X X X X X X X X X 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 3 3 3 3 3 3 4 4 4 4 4 5 5 5

39001354 39441166 50588043 10442701 24906131 32382724 38156605 54276472 70756079 78010805 107938125 118257551 128621106 148037565 154091387 11562830 37291371 67792439 114949579 155629738 204379375 214571293 48573736 68692258 74448595 100065832 131521422 179498586 234638424 17550044 66431013 69987147 128616533 167159970 185985544 62758580 66217163 68797749 155665566 185941474 21752007 86708579 140306606

C G G C G G C G G C C C C C C G G A C G C C C C C C G G C C G G T G G G C C G G C C G

G A C T C A T C T A G T G T T T C C T C T T G T G A A C G T C A A C C A A T A C T G C

331 583 304 457 462 536 334 347 428 425 248 436 368 275 405 119 166 363 466 197 378 679 658 356 312 518 327 445 416 298 398 390 299 242 269 225 278 292 263 186 188 312 325

60

0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

381 1158 533 695 838 509 334 392 609 384 296 927 397 340 563 214 288 281 311 285 422 675 741 241 327 827 421 674 1004 266 413 201 523 239 563 164 863 1008 245 246 420 264 398

0.13 0.20 0.12 0.06 0.02 0.07 0.04 0.08 0.05 0.02 0.25 0.14 0.03 0.02 0.32 0.16 0.06 0.23 0.22 0.18 0.12 0.17 0.03 0.07 0.20 0.02 0.14 0.01 0.02 0.17 0.16 0.19 0.16 0.04 0.15 0.15 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.02

471 1079 664 1334 921 475 374 583 778 286 251 894 308 323 439 180 233 318 378 303 546 754 713 258 328 806 427 552 628 281 378 144 558 235 638 233 858 975 196 276 479 265 280

0.01 0.20 0.00 0.00 0.08 0.19 0.17 0.00 0.14 0.11 0.22 0.14 0.10 0.12 0.38 0.22 0.19 0.22 0.20 0.19 0.00 0.17 0.11 0.15 0.17 0.13 0.00 0.02 0.16 0.18 0.18 0.01 0.15 0.25 0.15 0.00 0.08 0.01 0.23 0.00 0.02 0.21 0.21

423 1002 603 1481 973 278 203 515 549 199 155 731 169 237 271 162 160 150 238 224 481 584 558 184 237 730 572 451 455 120 190 143 539 176 537 175 864 956 127 246 457 174 156

0.00 0.26 0.00 0.00 0.12 0.33 0.36 0.00 0.26 0.01 0.33 0.20 0.33 0.30 0.54 0.24 0.38 0.41 0.31 0.22 0.00 0.24 0.21 0.26 0.28 0.20 0.00 0.11 0.21 0.34 0.33 0.00 0.19 0.34 0.18 0.00 0.07 0.06 0.34 0.00 0.10 0.28 0.41

5 5 5 5 6 6 6 6 6 6 7 7 7 7 7 7 7 8 8 8 9 9 9 9 10 10 10 10 10 10 10 10 11 11 11 11 11 11 11 12 12 12 12

141381648 147281235 171520439 176295612 32945708 76624648 83754323 97562220 117710989 160482607 7283171 18066623 21901510 106509129 120979151 127252006 143748299 57876375 107773435 143866744 34616031 107360846 116136467 124929126 1149768 5248310 14950552 15255691 18840793 68940104 124358488 129901667 209940 209941 49221947 59421497 72295658 82868503 101362454 1023215 4705842 51347841 51495752

G C C G G C C G C C C G G C C G G G C C G G C G C G G C C G C C G G G C C G G G C C

C T T C A G G C A A G C C T A C C C T T C C G A T T A A G A G G A T A A A C T C C G T

284 300 174 221 172 275 275 126 268 462 653 248 325 342 409 73 70 409 515 161 343 318 76 237 936 104 567 390 410 388 344 322 336 327 485 444 284 412 501 216 474 565 403

61

0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

250 310 204 366 154 455 393 153 387 1022 650 348 480 265 355 112 113 692 830 170 617 523 132 668 994 145 1105 966 626 433 615 387 426 418 291 218 1094 143 606 270 638 2151 843

0.01 0.04 0.06 0.03 0.02 0.03 0.02 0.15 0.11 0.06 0.04 0.03 0.04 0.07 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.16 0.05 0.15 0.01 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.13 0.02 0.00 0.09 0.03 0.03 0.25 0.40 0.03 0.04 0.06 0.15 0.04 0.01 0.01

182 230 150 189 157 390 410 223 419 1087 577 347 343 168 378 97 82 609 792 194 560 505 94 577 1245 162 1162 974 889 346 540 457 223 218 326 245 898 127 619 329 469 2269 685

0.18 0.20 0.21 0.20 0.13 0.15 0.08 0.00 0.13 0.00 0.16 0.15 0.19 0.28 0.16 0.21 0.21 0.15 0.10 0.13 0.15 0.12 0.17 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.00 0.18 0.03 0.00 0.22 0.22 0.18 0.46 0.12 0.09 0.00 0.00 0.21 0.06 0.10

109 150 101 150 136 330 353 164 363 1105 424 215 334 122 195 60 48 424 691 205 483 411 118 615 1177 138 1231 1114 832 203 321 302 78 78 234 80 1069 168 521 227 268 2342 730

0.32 0.32 0.37 0.39 0.20 0.18 0.21 0.00 0.18 0.00 0.24 0.30 0.21 0.36 0.33 0.33 0.36 0.27 0.14 0.18 0.20 0.24 0.13 0.00 0.00 0.00 0.10 0.09 0.00 0.38 0.30 0.00 0.60 0.60 0.30 0.75 0.18 0.16 0.00 0.00 0.39 0.09 0.12

12 12 12 13 14 15 15 15 16 16 16 16 17 17 17 17 17 17 17 18 18 18 19 19 19 19 19 19 19 20 20 21 22 22 22 22 22 X X X X X X

51634752 57602598 101745836 32953632 105419879 43814435 49127094 54306622 2126076 8722756 31092215 70889175 7578263 7798764 26708353 46862401 74080340 74468028 74729222 44109147 48591846 50976882 37149226 38126246 40376946 54625919 54759980 55450836 57326172 37400403 43629817 10951380 22161983 22899240 39176944 42783071 45802352 12904612 57146462 63412007 64936704 65392277 102885082

C C G C C C C G C G C C G G G C G C C G G C G G C C C G C G G C G G C C G C T G A G

G T C G G T A A G T G T A C A C T A T G C C G A A G G T T T A T G A C T G C T G T G C

235 213 517 496 422 258 191 475 155 268 167 184 399 137 351 236 250 473 479 204 486 377 474 432 128 277 208 256 344 432 569 335 476 209 152 427 596 397 96 150 167 340 92

62

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

522 264 992 476 448 409 183 622 411 471 225 701 413 154 288 536 438 921 556 852 1110 593 422 648 151 590 576 535 450 519 1072 141 636 373 227 565 610 434 194 209 185 526 148

0.02 0.16 0.02 0.04 0.26 0.10 0.02 0.01 0.01 0.05 0.18 0.01 0.47 0.01 0.05 0.14 0.02 0.16 0.14 0.01 0.03 0.00 0.15 0.06 0.07 0.05 0.19 0.13 0.40 0.17 0.03 0.13 0.02 0.15 0.19 0.16 0.12 0.05 0.03 0.14 0.24 0.06 0.08

643 264 994 524 448 406 156 519 317 462 226 566 385 141 179 501 399 784 611 754 1136 688 324 669 103 675 520 579 401 441 948 151 635 304 243 506 600 380 186 183 136 366 135

0.08 0.17 0.08 0.11 0.24 0.00 0.22 0.14 0.16 0.19 0.18 0.12 0.47 0.18 0.21 0.09 0.08 0.16 0.14 0.04 0.13 0.02 0.19 0.00 0.03 0.00 0.20 0.01 0.42 0.15 0.13 0.10 0.13 0.09 0.12 0.16 0.13 0.20 0.19 0.01 0.24 0.29 0.00

610 241 895 476 305 353 96 367 272 341 185 569 139 76 136 457 429 900 597 785 1050 509 201 677 70 628 547 560 343 451 788 94 581 299 205 557 539 234 89 127 35 101 108

0.10 0.22 0.13 0.14 0.33 0.00 0.38 0.24 0.22 0.27 0.26 0.16 0.76 0.34 0.33 0.19 0.20 0.19 0.17 0.11 0.17 0.13 0.36 0.00 0.10 0.00 0.19 0.00 0.49 0.19 0.22 0.24 0.20 0.12 0.24 0.21 0.19 0.40 0.41 0.00 0.62 0.65 0.00

X 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 3 3 3 3 3 3 3 4 4 4 5 5 5 5 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6

147063094 110557452 147121984 152277822 155911572 157490895 159284102 167334732 197390707 203098233 230845796 3651951 26152328 97267977 170417064 173885386 205989070 235943745 9962640 113169342 113375798 130103987 130733159 170843782 179051133 71895094 128743929 190884260 5146403 55155408 149431566 167671691 26027403 29598278 56919460 76373194 102130457 116289799 129714373 129835667 137147538 145142071 155606304

C G C T G C G G C C C G G G G G C G C G C C C C G G G G G C C G G G G G C C A G C C G

T A T C A T A A T T T A A C T A T A T A T A G T A A A A C G G T A A C A T T G A T T A

451 428 209 187 181 370 244 340 410 376 197 441 180 283 683 506 368 420 62 229 472 292 366 424 578 507 443 861 299 258 141 425 356 375 885 479 670 593 490 467 210 561 412

63

0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

481 319 369 707 300 654 538 371 366 960 408 1163 280 556 975 890 500 525 69 171 1041 499 623 452 654 1056 464 865 444 453 190 277 186 383 1700 331 1326 994 853 1214 230 1274 946

0.38 0.16 0.03 0.21 0.08 0.06 0.06 0.20 0.18 0.03 0.14 0.13 0.03 0.10 0.03 0.02 0.17 0.31 0.21 0.15 0.02 0.13 0.16 0.18 0.02 0.01 0.03 0.03 0.20 0.10 0.02 0.16 0.18 0.03 0.00 0.07 0.02 0.02 0.08 0.01 0.18 0.02 0.07

301 339 283 644 311 770 546 429 410 781 393 1136 252 615 836 621 427 524 55 160 1102 582 639 499 808 1077 355 855 365 545 130 272 244 295 1978 373 1237 1028 1050 1394 339 1576 1217

0.42 0.22 0.19 0.22 0.00 0.00 0.00 0.17 0.18 0.18 0.01 0.11 0.17 0.00 0.13 0.15 0.22 0.17 0.28 0.25 0.11 0.12 0.20 0.14 0.10 0.05 0.20 0.17 0.43 0.01 0.18 0.24 0.17 0.15 0.01 0.13 0.12 0.10 0.10 0.09 0.24 0.08 0.05

228 159 215 525 316 780 470 288 302 664 443 1169 194 516 608 425 403 435 53 147 928 536 586 572 695 1116 207 509 402 561 83 147 202 239 1675 268 1095 935 1076 1209 258 1482 1261

0.55 0.32 0.29 0.23 0.00 0.00 0.00 0.27 0.27 0.25 0.00 0.13 0.22 0.00 0.23 0.28 0.25 0.27 0.35 0.37 0.18 0.18 0.29 0.16 0.13 0.07 0.34 0.34 0.46 0.00 0.34 0.34 0.23 0.22 0.06 0.18 0.18 0.17 0.12 0.14 0.25 0.11 0.07

7 7 7 7 7 8 8 8 8 8 8 9 9 9 10 10 10 10 10 10 11 11 11 11 11 12 12 12 12 12 12 12 12 12 12 12 12 13 13 13 13 14 14

31008460 42018264 55863654 86569402 100646018 61707581 97156803 101936198 144406175 145615877 146068040 38395865 39144334 125512408 11805336 17142095 25755603 27382620 51465097 99683057 619711 33053922 57582951 113860446 121485605 331737 14775089 40692254 52407933 52867105 78415530 102038506 104481804 109898516 123661252 123810711 133781077 25482206 29608198 61987083 113852561 20586093 47120652

C G C G G G G C G G G C G C G G C C G G C C G C C G C C G G A G C C C G C C G G C A G

T A T C A A A G A A A T A T A A A T A A T G A T G A T T A A T C T T T A T T A A T G T

252 213 277 319 141 696 399 577 290 94 407 272 102 158 430 335 282 494 57 536 302 404 386 105 301 140 320 535 97 50 438 410 423 615 506 584 561 687 340 490 307 403 190

64

0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

582 391 168 225 339 288 728 571 225 108 316 569 295 507 1591 437 326 1040 346 531 242 538 397 152 519 261 429 725 265 68 915 844 660 1340 830 1027 756 1249 1196 1549 171 646 190

0.13 0.02 0.16 0.02 0.13 0.02 0.23 0.14 0.15 0.11 0.44 0.04 0.03 0.08 0.01 0.03 0.16 0.02 0.17 0.24 0.06 0.01 0.28 0.08 0.27 0.01 0.04 0.03 0.08 0.08 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.08 0.04 0.23

643 339 206 183 339 420 606 553 267 182 296 494 284 471 1471 507 392 1095 405 515 141 622 486 156 424 205 284 742 372 72 905 1049 657 1118 823 1179 694 1264 1226 1372 174 474 159

0.01 0.11 0.18 0.13 0.16 0.10 0.25 0.27 0.01 0.00 0.53 0.16 0.14 0.07 0.05 0.10 0.10 0.10 0.19 0.25 0.29 0.08 0.00 0.00 0.25 0.15 0.22 0.09 0.01 0.16 0.08 0.07 0.13 0.10 0.08 0.09 0.12 0.10 0.09 0.07 0.21 0.21 0.23

609 247 134 116 233 263 556 425 301 176 190 396 198 354 1935 437 380 1107 259 352 54 584 389 148 278 122 191 617 377 52 911 864 610 1361 823 1100 822 1200 1109 1314 46 283 81

0.00 0.25 0.30 0.33 0.13 0.24 0.41 0.38 0.00 0.00 0.71 0.19 0.23 0.09 0.07 0.11 0.17 0.12 0.20 0.41 0.66 0.14 0.00 0.00 0.39 0.39 0.38 0.17 0.00 0.22 0.11 0.14 0.14 0.13 0.16 0.14 0.12 0.12 0.11 0.11 0.60 0.38 0.34

14 15 15 16 16 16 16 16 17 18 18 19 19 19 19 19 19 20 20 20 20 21 22 X X X X X

51383438 77472727 78301381 20975381 56397994 68225635 84806198 89249964 5307486 32920372 65180727 11024645 34791750 42866658 50979162 53384377 56244150 19977369 31372629 43129048 56227112 34142159 39884105 27998036 48369849 122772861 125954720 153199893

C C G C G T C G C G C C C G G G C G C G G C C G C C C G

A T A T C C T C T C T T A T T A T A G A C T G T T T T C

328 659 317 349 556 682 598 169 552 148 441 410 262 579 655 278 491 348 530 185 407 1076 595 192 183 509 210 130

65

0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

379 922 352 820 1200 686 1048 233 583 112 385 628 458 739 594 178 1067 494 1942 236 566 1355 720 174 482 930 315 214

0.05 0.00 0.04 0.02 0.01 0.19 0.13 0.08 0.03 0.03 0.04 0.04 0.09 0.04 0.17 0.22 0.15 0.04 0.03 0.02 0.17 0.09 0.02 0.12 0.05 0.03 0.22 0.04

301 977 312 779 921 708 1056 199 551 74 497 498 355 482 624 167 1134 459 1650 225 574 1672 532 244 388 879 267 165

0.21 0.00 0.17 0.16 0.10 0.18 0.16 0.00 0.19 0.23 0.18 0.16 0.39 0.20 0.01 0.22 0.13 0.17 0.15 0.13 0.14 0.01 0.15 0.01 0.20 0.15 0.20 0.20

182 603 160 573 943 510 768 179 334 59 264 289 268 361 556 104 997 312 1569 226 551 1576 448 162 276 833 172 176

0.37 0.08 0.36 0.26 0.14 0.28 0.25 0.00 0.31 0.30 0.33 0.35 0.52 0.36 0.00 0.35 0.16 0.24 0.20 0.18 0.23 0.00 0.22 0.00 0.34 0.20 0.39 0.19


Chr 1 1 1 1 2 2 2 2 2 3 4 4 4 5 5 5 6 6 6 7 7 7 7 7 8 8 8 9 9 10 11 12 12 12

Normal Start position Ref Alt RD 46649948 C T 297 93826121 G C 316 155220084 G A 202 159015175 C G 105 32740611 T A 408 68717387 C G 590 85777095 G A 451 111907653 GCCCATA 595 167141186 C T 515 113377477 G A 837 79442782 G C 383 100458863 C T 339 113484304 G C 192 10423918 G C 575 37227700 C G 1003 37227736 C T 1013 30916561 A T 208 32046852 C T 179 132967009 A T 526 2473380 G A 133 48312055 C T 674 48312619 C T 437 48314304 C T 535 94259049 G C 432 28384677 G A 315 67752482 AGTA 868 127569333 G A 690 91159390 C G 825 108145551 G C 408 24508801 C G 434 82571051 C T 908 977908 C A 256 6626989 G C 89 57918089 G A 448

BAF 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

66

DCIS RD 127 161 160 194 393 411 281 469 311 707 306 277 166 372 765 797 126 67 450 106 484 336 398 348 134 789 436 480 248 358 728 245 76 282

BAF 0.46 0.36 0.16 0.21 0.25 0.29 0.28 0.24 0.22 0.30 0.30 0.27 0.24 0.32 0.16 0.16 0.20 0.34 0.27 0.26 0.31 0.28 0.33 0.24 0.36 0.24 0.27 0.30 0.28 0.21 0.30 0.15 0.23 0.17

Primary tumor RD BAF 111 0.53 143 0.45 162 0.15 173 0.24 252 0.41 401 0.36 341 0.29 435 0.30 288 0.22 748 0.32 345 0.30 240 0.31 151 0.26 424 0.33 711 0.27 726 0.29 177 0.27 60 0.35 385 0.30 105 0.36 473 0.35 310 0.31 408 0.34 354 0.32 108 0.51 872 0.25 461 0.34 433 0.40 225 0.31 387 0.27 669 0.28 211 0.27 111 0.21 314 0.26

ALN metastasis RD BAF 195 0.15 283 0.13 105 0.06 191 0.12 438 0.07 537 0.04 379 0.06 609 0.05 333 0.10 864 0.12 351 0.09 305 0.05 172 0.06 609 0.07 844 0.11 887 0.11 148 0.06 80 0.07 507 0.07 106 0.11 714 0.09 422 0.07 601 0.06 373 0.05 227 0.07 892 0.09 378 0.13 566 0.12 413 0.10 555 0.07 909 0.10 258 0.09 93 0.12 315 0.12

12 12 12 14 14 14 14 15 15 16 16 17 17 19 20 20 21 X X X X X 4 5 7 7 8 X 6 9 14 1 2 4 4 5 5 6 7 9 11 11 11

80982114 86276100 105538179 21838648 35579793 50605333 51721183 66215259 101555577 2348465 2827056 59984916 76456055 3733901 17434414 62366030 30332898 12735869 43652716 54842006 73811476 129546770 146824038 145610390 129666107 136700102 38913169 96139940 30864460 70177977 95058476 26370796 233899041 1018787 36212143 33947301 156899767 52995607 99260482 96021359 7960381 62985192 68183842

G G C C C C G C A C C G C C G C G C G C C G G G C T C G C G C C C C C G C C C C T G G

A A T T A T C T G G G A A G A T C T A T G A A A G C G C T T T T T T T A T T T T A A A

423 681 802 406 362 615 619 546 517 166 370 210 869 722 505 654 620 979 511 328 491 317 212 342 351 261 760 374 439 66 382 215 516 103 616 251 348 276 297 430 258 502 299

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

67

295 329 583 313 315 372 335 290 506 164 228 255 501 330 244 409 529 521 525 222 499 138 156 353 435 316 1201 345 320 68 249 70 250 105 493 292 294 325 317 293 246 422 180

0.31 0.33 0.31 0.28 0.24 0.22 0.30 0.25 0.22 0.32 0.28 0.23 0.26 0.39 0.28 0.28 0.27 0.29 0.28 0.24 0.29 0.23 0.09 0.06 0.12 0.08 0.11 0.23 0.02 0.15 0.23 0.53 0.21 0.26 0.21 0.23 0.11 0.26 0.11 0.23 0.25 0.30 0.26

282 364 567 318 285 381 463 298 459 174 230 225 566 355 262 480 497 562 537 301 425 169 173 425 453 314 1141 326 351 59 229 88 287 117 385 297 357 346 319 290 264 461 190

0.37 0.34 0.34 0.32 0.24 0.22 0.30 0.31 0.25 0.35 0.38 0.31 0.32 0.43 0.27 0.31 0.27 0.31 0.30 0.26 0.31 0.28 0.06 0.04 0.14 0.17 0.09 0.26 0.08 0.13 0.25 0.46 0.25 0.31 0.29 0.27 0.12 0.30 0.12 0.25 0.30 0.25 0.37

382 427 716 427 398 428 446 346 560 149 218 224 512 579 280 448 647 549 647 215 558 134 120 388 424 291 988 437 248 67 256 142 291 109 522 339 300 345 359 302 295 486 158

0.09 0.11 0.09 0.05 0.10 0.12 0.06 0.08 0.10 0.08 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.09 0.13 0.08 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0 0.08 0.09 0.08 0.09 0.06 0.07 0.09 0.03 0.10 0.02 0.03 0.11 0.08 0.12

11 12 12 14 16 17 19 21 X X

105881195 6637944 113442876 20181989 22132351 74005512 4512187 43319448 128657216 147733568

C G G G C C G G G G

T A A C T T A A A C

429 592 527 77 671 626 121 735 654 676

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

68

374 229 454 94 873 448 113 506 422 517

0.25 0.33 0.23 0.12 0.10 0.28 0.02 0.20 0.20 0.30

374 292 505 76 1067 502 191 464 438 617

0.24 0.33 0.24 0.08 0.07 0.30 0.03 0.30 0.24 0.27

417 307 475 73 854 466 142 571 375 651

0.11 0.11 0.12 0.10 0.04 0.08 0.05 0.08 0.02 0.10

Supplementary Table S10. Genes affected by mutations exclusively in the metastases of the studied patients. Genes affected by mutations exclusively in metastases P4

P8

P11

P15

P46

SZT2 ROR1 ACADM ST6GALNAC3 LAMB3 DUSP10 AGT GCFC2 ZAP70 SCN1A UNC80 WDR52 XRN1 PAQR9 IL1RAP BRD8 KIAA0319 ABCA13 PLAG1 CYHR1 TRPM3 CPXM2 CABP4 MYO7A SCNN1A GUCY2C KRT76 ISLR2 CREBBP CDH5 BCL6B GSDMA KIF18B SLC14A1 GTF2F1 NWD1 MPV17L2 PSG3 PPP2R1A VN1R2 STAU1 LTN1 SBF1 MAP3K15 CXorf64 ZNF185

NBAS OTOF NCKAP5 FAT4 VCAN C6orf52 ARID1B POTEA ANKRD20A4 PAPPA OR1K1 LBX1 HN1L GSG1L NLK DOCK6 ZNFX1 PRAF2 DACH2

SPSB1 PRAMEF2 PRDM2 IFI44L GPATCH2 KCNK1 OR2M4 RSAD2 HEATR5B EHBP1 CTNNA2 XIRP2 XIRP2 XIRP2 UBR3 ITPR1 CAND2 ZNF197 SEMA3F TMPRSS7 GABRG1 KIAA1211 PTPN13 TSPAN5 ADAD1 LRBA ZMAT2 PCDHA7 PCDHA9 PCDHA12 JAKMIP2 BAI3 GPRC6A SDK1 KCND2 CSPP1 UBR5 PKHD1L1 CNTRL CDH23 GRAMD1B VWF CSAD ZFC3H1 UBE3B TEX30 TPSB2 HS3ST3A1 UNK UBE2O USHBP1 USHBP1 USHBP1 ZNF208 PPFIA3 LILRA1 U2AF2 ZNF667

C15orf43 DCC

TIAM2 TIAM2 A2M PHLDA1 CYP4F3 FCGBP TTN TMPRSS11A CDH12 DCC

69

FASTKD5 PTGIS PI4KA ZNRF3 APOL5 FLG POLR1E

70