T2DDb Web Interface HTML,Javascript T2Ddb ...

2 downloads 0 Views 298KB Size Report
HTML,Javascript. Search by Keyword. NCBI Gene ID. Gebe Symbol. Gene Alias. OMIM ID. Gene Ontology ID. Gene Ontology Term. Transcript ID. Unigene ID.
Key:

User

Q ­Query R ­ Result Q Heat Map

Q

 Organism

 Experiment Name   Gene Symbol(s) 

Interaction Map

R

Q

 Organism  Gene Symbol(s) 

Q Q

R Q

Q

     T2D­Db Web  Interface   HTML,Javascript

 Gene Symbol(s) 

Q R

Search by Gene    Organism

Search by Chromosome

R R Q Flatfile database FASTA Files 

 

R R Q

Regions

Heat Map  Viewer

Cytoscape R

R

 Organism

Java Web  Start

 Gene Locus(s) 

R

R

Q

R

Q R

T2D­db RDBMS Tables Mouse Human

Q R

Rat

Q R

Q

Q

 Gene Symbol(s) 

 Organism  Tissue(s) 

R

R

Symbol(s)

Search by Tissue(s)

Search by Experiment(s)  Organism  Experiment Name   Gene Symbol(s)

R

Search by Candidate 

  Organism

Q

Q

 NCBI Gene ID  Gebe Symbol  Gene Alias  OMIM ID  Gene Ontology ID  Gene Ontology Term  Transcript ID  Unigene ID  Homologene ID  KEGG ID  Reactome ID  Pathway name  NCBI Accession ID  Interactors  SNP ID  Candidate Region

Search by Gene Symbol(s)

R

Q

R

            Search by Keyword

 Organism  Chromosome 

Q R

R Q R Q

Search by Chromosomal  Positions  Organism  Chromosome  Start and End positions 

Search by Risk Factor(s)   Organism

 Risk factor(s) 

SNP Map  Organism  Chromosome  Start and End positions 

R Graphical  Display

Q

Tabular Display

R

R Q R

Q

Gene information  Downloaded from  NCBI Gene Database 

Supplementary Figure 1. Data flow through T2D­Db application  The entire data flows through eight categories. Query from the user passes from the front­end to the  back­end through the CGI scripts and vise­versa. SNP Map, Heat Map and Interaction Map are the  three maps used for visual display of SNP data, Microarray data and Protein­Protein Interaction data  respectively.  Java Web Start is used to launch the Heat Map and Cytoscape application. In SNP Map,  the  genes   are  displayed   along   with   markers   within  a   specified   genomic   region   range.     The  Gene  information is obtained from the NCBI Gene Entrez Database. A Flat­file database is also maintained  in order to store the FASTA sequence files for each gene.