Table S20. Primers and enzymes used for allele-specific ... - Plos

Table S20. Primers and enzymes used for allele‐specific expression analysis.   

Locus 

AT1G51000 

AT3G21830 

AGL36 

AGL96 

AGL28 

AT1G35183 

AT1G49290 

AT4G31900 

AGL23 

Primer (5’‐3’) 

Enzyme 

ATGGCTAATATTGTTGGAAACACT, 

Ban I 

CTTCTCCTTCACAGTTTCTTT 

(1 site in Bur‐0) 

CTGCTTCTTCCTCAGGTGTT, 

Hinf I 

TGATCTCGAGAAGTGGGACA 

(1 site in Bur‐0) 

AGTCATTTTCCGACTCTCCTATTCATG, 

TspR I 

GGTAGTTGATTGGATGGTAGTTGATG 

(1 site in Bur‐0) 

GTGAACTTGCTGATCTCTCCCC, 

Hph I 

GCTCTCTCCTTTATAGGTCCCCAA 

(1 site in Bur‐0) 

GGTAAAAATGACCAACGAATCAAAC, 

Bsr I 

TGGACTATTGACTGCTTGGTCTCTT 

(1 site in Bur‐0) 

ATGGAAAGTAACAACTTCATTCGTG, 

Nla III 

TCAGAACCTGTCTCCATATCATCG 

(1 site in Col‐0) 

AGGGAGAAACAATTGGCTTTAGA, 

Fok I 

CTATCACTTCCCCGAATCTCCTA 

(1 site in Col‐0) 

GAAAACCAATGTAATCCTTGCG, 

detection by 

GAAAATGCATCAGAGCGAAAAG 

sequencing 

TACACAAAGCTTCATGTTCAAATGC, 

Apa I 

ACCCCTGGTTTGTGGAGATATTA 

(1 site in Bur‐0) 

AT5G54350 

At3G50720 

At1g52460 

At3g23060 

At5g03020 

At1g60970 

At2g19400 

At4g29570 

At5g46300 

At3g10590 

At1g20730 

AGCCTCCTGTTGCTCCTCCT, 

Tsp45 I 

AACCACCTTATCCTCCCGATAG 

(1 site in Col‐0) 

GTTACCGAACTCGTAAGAGGTGG,  CCAATTCGGAGTGGCTCA 

Ava I  (1 site in Bur‐0;   2 sites in Col‐0) 

AATGGATATGTCCATCTCTCGTGCT, 

detection by 

CGTTTTAGGCTCTTCGCCTT 

sequencing 

TGAAGACAATGGATTGGACGAA, 

detection by 

TCTTTTCCACCGGTTTCTTACC 

sequencing 

ATACATAATCGGTGGATTCGTTAGG, 

detection by 

GCATGCCTTGGTCGTAAAGTAAT 

sequencing 

AACAAATGCTAGGACCGAAGTGG, 

detection by 

TTAGGGTCAGTGCTATTGATCCC 

sequencing 

GCCAGTGGTCAATGGAGAACTT, 

detection by 

AATTGCAGAGTCACTTCGGGTAG 

sequencing 

TCTCCGGATCACCTGTCGTAG, 

detection by 

ATGTTCCTTTCTGACCGGTTG 

sequencing 

TTGGAGAAAAAGAGATTGACGATC, 

detection by 

GACTCCTTTTCTCCAATGAACACTT 

sequencing 

CCAACGATGTTAATCAGATGCC, 

detection by 

GCCCTCGGTAGACTCCAAAGTT 

sequencing 

CTCACCAGGCAGATCGCAA, 

detection by 

ACCGCAGTGAGAGCAGAGATTA 

sequencing 

At1g60400 

At5g50470 

At3g62230 

At3g49770 

At1g66630 

At1g11810 

At4g11940 

 

ATCAGAAATTTTCTCACCGGGA, 

detection by 

TGAAACTGGTGTCTTCTGCTGAAC 

sequencing 

GCGACGTTGTCCCAAGAGA, 

detection by 

TCCAATTTCCCCAGCTGC 

sequencing 

TAACGACCGGTTAATGAAGTTGG, 

detection by 

GCATGAATCTGATTCCAACAAACTC 

sequencing 

AGGATTCTCCCTACAACCTTCTACA, 

detection by 

GATTATATGCATCATCCTCGTCG 

sequencing 

ACACTGTTGGAGCTTGATCTTCTG, 

detection by 

TGGTTCAGGGCAGTAGCAAAG 

sequencing 

GCAAAAACCGTAACCACAAAATC, 

detection by 

TCATCACCCAAAGACTCAAACG 

sequencing 

AAAGTTCTTCTTTGCTTGGTCGC, 

detection by 

TCATACCATCCAAACCGATTGT 

sequencing