the dynamics of the partitioning of the bacteria: lattice ...
Recommend Documents
AbstractâWe study the problem of dividing the 2 lattice into partitions so that minimal intra-partition distance between the points is maximized. We show that this ...
Apr 4, 2008 - 1Department of Materials Science and Engineering, University of Tennessee, Knoxville, Tennessee 37996, USA. 2Ioffe Physico-Technical ...
Sep 18, 2016 - 1Center for Solid State Physics and New Materials, Institute of Physics Belgrade,. University of Belgrade, Pregrevica 118, 11080 Belgrade, ...
In the experimental stage, we deployed two compact weather stations, two optical disdrometers, and ...... soy bean cultures to trees (Armstrong and Mitchell, 1987; Brandt, 1989; Hall and Calder,. 1993 ...... van Elewijck, L.L., 1989a. Influence of ..
1. Introduction. In this report, the coefficient of thermal expansion (CTE) of pure fused silica (HPFS), and ..... Standards- A. Physics and Chemistry, 71A, 363-369.
Mar 16, 2007 - Martin Smith, Leigh Shelford, Jamie Thompson, Gemma Winter, Shemiah Weekes, all my friends ...... William Blake, All Religions are One, 1788.
Ontario M5S 3H6, Canada ... Department of Chemistry, University of British Columbia, Vancouver, British, Columbia V6T 1Z1, Canada ...... 124, 1866 1961.
Jan 13, 2016 - Lin Chao1*, Camilla Ulla Rang1, Audrey Menegaz Proenca1,2, Jasper ...... Evans SN, Steinsaltz D. Damage segregation at fissioning may ...
Oct 16, 2015 - transport, and recombination of photogenerated electrons and holes in hybrid ...... (2014). [29] https://github.com/WMD-Bath/Hybrid-perovskites.
Jun 12, 2012 - in a Universe filled with an infinite number of objects, and this validates .... no need for junction conditions (and hence, no 'no-man's land'), and ...
3 Kathleen Lonsdale Materials Chemistry, Department of Chemistry, University College London, ... Elastic constants of SnS2, Pnma and Ï-cubic SnS and Sn2S3.
coarsening stage, in which the number of stripes is reduced and their average width increases. The .... main growth process which takes place in this stage is.
Apr 2, 2007 - 1Department of Physics, Massachusetts Institute of Technology, ... 4National High Magnetic Field Laboratory, Tallahassee, FL 32310 and.
Dec 6, 2007 - 3Laboratory of Crystallography, Department of Materials, ETH Zurich, HCI G 515, Wolfgang-Pauli-Strasse 10,. CH-8093 Zurich, Switzerland.
Furthermore, Sn2S3 can be easily misidentified as SnS, due to its ... a Department of Chemistry, University of Bath, Claverton Down, Bath BA2 7AY, UK. E-mail: ...
S. Ponosov, T.V. Kuznetsova, O.E. Tereshchenko, K.A. Kokh, E.V. Chulkov, 2013, published in Pis'ma v Zhurnal Eksperimental'noi i Teoreticheskoi. Fiziki, 2013 ...
discovered in 1963 by Buehler et al. at the US Naval Ordnance Laboratory2. (This alloy was dubbed Nitinol as an acronym for NiTi Naval Ordnance Laboratory!)
â bacterial attachment rate,. â bacterial detach- ment rate. 1. Introduction. In a swampy bog at the climax stage of limnological succession, phytoplankton and ...
Mar 20, 2015 - syntrophic β-oxidizing bacteria may thus serve as monitoring tools to .... content of 40â70%, minimal repeats of guanine and cytosine, an.
Mar 8, 2011 - nonmotile bacteria, M/N, predicted by our model after 4 d of ... 2A, we show the progression of population growth and .... 8.2 ± 1.1 à 106.
Mar 4, 2014 - Jude Apple and Erica Kiss assisted with molecular analyses. .... Kritzberg, E. S., Cole, J. J., Pace, M. M., and Graneli, W. (2005). Does.
7 Å 16. Scheffers S. R, de Goeij J., Van Duyl F. C. and R. P. M. Bak. Published in: Coral Reefs 22 ...... De betekenis van minder evidente ... mica en leefgebied van een, belangrijk maar weinig onderzocht bestanddeel van de vastzittende ...
Jan 19, 2010 - several considerations [3,13], including fold assignment program scores, secondary ...... Debler EW, Ma Y, Seo H, Hsia K, Noriega TR, et al. (2008) A .... Janssen P, Enright AJ, Audit B, Cases I, Goldovsky L, et al. (2003) ...
the dynamics of the partitioning of the bacteria: lattice ...
THE DYNAMICS OF THE PARTITIONING OF THE BACTERIA: LATTICE-BOLTZMANN METHOD
WAIPOT NGAMSAAD
A THESIS SUBMITTED IN PARTIAL FULFILMENT OF THE REQUIREMENTS FOR THE DEGREE OF MASTER OF SCIENCE (PHYSICS) FACULTY OF GRADUATE STUDIES MAHIDOL UNIVERSITY 2005 ISBN 974-04-5821-1 COPYRIGHT OF MAHIDOL UNIVERSITY
Fac. of Grad. Studies, Mahidol Univ.
Thesis / v
พลวัตการแบงตัวของแบคทีเรีย: วิธีแลททิตโบทซมานน
(THE DYNAMICS OF THE
PARTITIONING OF THE BACTERIA: LATTICEBOLTZMANN METHOD)
ไวพจน งามสอาด
4636309 SCPY/M
วท.ม. (ฟสิกส) คณะกรรมการควบคุมวิทยานิพนธ : อิ มิง ถัง, Ph.D. (PHYSICS), วรรณพงษ เตรียมโพธิ์, Ph.D. (PHYSICS), นรินทร นัฐวุฒิ, Ph.D. (PHYSICS), มีโชค ชูดวง, Ph.D. (MATHEMATICS) บทคัดยอ การวิจัยนี้ศึกษาพลวัฒการสั่นของ Min โปรตีนในแบคทีเรียอีโคไล (Escherichia coli) การสั่นนี้ เกี่ยวของกับปฏิกิริยาของโปรตีน MinC MinD และ MinE ซึ่งโปรตีนเหลานี้เปนตัว กําหนดใหแบคทีเรียแบง ตัวตรงบริเวณกึ่งกลางตัวไดถูกตอง ในการศึกษานี้ไดใช Lattice Boltzmann Method (LBM) แกชุดสมการ ปฏิกิริยาการแพร (reaction-diffusion) ที่เสนอโดย Martin Howard ในการอธิบายพลวัฒการสั่นของ Min โปรตีนนี้ การวิจัยครั้งนี้ไดศึกษาแบบ จําลองของการแบงตัวของอีโคไลทั้งในระบบ 1 มิติ และ 2 มิติ พบวา ผลลัพธที่ไดจาก LBM สอด คลองกับผลการทดลองและผลลัพธของ Martin Howard ดังนั้น LBM สามารถเปน ทางเลือก หนึ่งในการจําลองแบบปญหาในระบบชีววิทยาที่ซับซอนที่อธิบายไดดวยสมการปฏิกิริยาการแพร สําหรับ ผลลัพธที่ไดในแบบจําลอง 2 มิติพบวาแบคทีเรียที่มีรูปรางสัดสวนความกวางตอความยาว เปน 1:2 การสั่นของ Min โปรตีนสอดคลองกับผลการทดลองเปนอยางดี และพบวาแบคทีเรียอีโค ไลที่มีรูปรางสี่เหลี่ยมจัตุรัสการสั่น ของ Min โปรตีนไมสามารถเปนไปอยางปกติ 65
หนา
ISBN 9740458211
Fac. of Grad. Studies, Mahidol Univ.
Thesis / iv
THE DYNAMICS OF THE PARTITIONING OF THE BACTERIA: LATTICEBOLTZMANN METHOD. WAIPOT NGAMSAAD 4636309 SCPY/M M.Sc. (PHYSICS) THESIS ADVISORS : I-MING TANG, Ph.D. (PHYSICS), WANNAPONG TRIAMPO, Ph.D. (PHYSICS), NARIN NATTAVUT, Ph.D. (PHYSICS), MEECHOKE CHUEDOUNG, Ph.D. (MATHEMATICS)
ABSTRACT We present a Lattice Boltzmann Method (LBM) for studying the dynamics of the oscillations of the min proteins in Escherichia coli. The oscillations depend on MinC, MinD and MinE proteins. These proteins are required for proper placement of the division septum at middle of the bacterial cell. Here, the LBM is applied to the set of the deterministic reaction di usion equations proposed by Howard et al. to describe the dynamics of the Min proteins. This determines the midcell division plane at the cellular level. We use the LBM to study the dynamic pole-to-pole oscillations of the min proteins in one and two dimensional problem. The LBM results are in good agreement with those of Howard et al., and agree qualitatively with the experimental results. Our results indicate that the LBM can be an alternative computational tool for simulating problems dealing with complex biological system which are described by the reaction-di usion equations. We also use the LBM for a two dimensional system to investigate the possible evolutionary connection between the shape and cell division of E. coli. The results show that, for the dimension 1x2, the oscillatory pattern is the most consistent with the experimental results. They also suggest that as the dimension of the system approaches square shape, the oscillatory pattern no longer places the cell division of E. coli. at the proper position. KEY WORDS : LATTICE BOLTZMANN METHOD / BACTERIA / E. COLI CELL DIVISION / MIN PROTEINS / MINCDE OSCILLATION 65 pp. ISBN 974-04-5821-1
