Supplementary Material - Semantic Scholar

Supplementary  Material        

Evolutionary  associations  of  endosymbiotic  ciliates  shed  light  on  the  timing  of  the   marsupial-­‐placental  split      

Peter  Vďačný       Department  of  Zoology,  Comenius  University  in  Bratislava,  Slovakia       Supplementary  figures:   3     Supplementary  tables:   1    

FIG.  S1.  Trichostome  phylogeny  based  on  the  18S  rRNA  gene.  Bootstrap  values  for  maximum  likelihood  (ML)  and  posterior  probabilities   for  Bayesian  inference  were  mapped  onto  the  best  scoring  ML  tree.  Dashes  indicate  bootstrap  values  below  50%.  The  scale  bar  indicates   nine  substitutions  per  one  hundred  nucleotide  positions.  

FIG.   S2.   SIMMAP   reconstruction   of   ancestral   thermoregulation   modes   of   hosts   of   trichostomes,   based   on   a   set   of   100   randomly   selected   post  burn-­‐in  trees  from  each  run  of  the  Bayesian  analysis.  Relative  proportions  of  characters  states  were  mapped  onto  the  best  scoring   ML  tree  whose  branching  pattern  is  shown  in  detail  in  supplementary  figure  S1.  Coding  of  characters  is  summarized  in  supplementary   table  S1.  

Fig.  S3.  SIMMAP  reconstruction  of  ancestral  parts  of  the  gastrointestinal  tract  of  hosts  of  trichostomes,  based  on  a  set  of  100  randomly   selected  post  burn-­‐in  trees  from  each  run  of  the  Bayesian  analysis.  Relative  proportions  of  characters  states  were  mapped  onto  the  best   scoring   ML   tree   whose   branching   pattern   is   shown   in   detail   in   supplementary   figure   S1.   Coding   of   characters   is   summarized   in   supplementary  table  S1.  

TABLE  S1.  Classification  and  extrinsic  traits  of  trichostome  ciliates  used  in  phylogenetic  analyses.   a  

Order  

Family  

Species/subspecies  

Host

Macropodiniida                       Vestibuliferida                               Entodiniomorphida                

Macropodiniidae     Polycostidae     Amylovoracidae               Balantidiidae           Isotrichidae         Paraisotrichidae           Pycnotrichidae   Buetschliidae                

Macropodinium  ennuensis   Macropodinium  yalabense   Polycosta  turniae   Polycosta  roundi   Amylovorax  dogieli   Amylovorax  dehorityi   Bandia  tammar   Bandia  smalesae   Bandia  deveneyi   Bandia  cribbi   Bitricha  tasmaniensis   Balantidium  ctenopharyngodoni   Balantidium  duodeni   Balantidium  entozoon   Balantidium  polyvacuolum   Balantidium  coli   Aviisotricha  hoazini   Dasytricha  ruminantium   Isotricha  intestinalis   Isotricha  prostoma   Paraisotricha  colpoidea   Paraisotricha  minuta   Helicozoster  indicus   Latteuria  media   Latteuria  polyfaria   Buxtonella  sulcata   Alloiozona  trizona   Blepharoconus  hemiciliatus   Bundleia  benbrooki   Bundleia  nana   Bundleia  postciliata   Didesmis  ovalis   Hemiprorodon  gymnoprosthium   Prorodonopsis  coli  

macropod  marsupials   macropod  marsupials   macropod  marsupials   macropod  marsupials   macropod  marsupials   macropod  marsupials   macropod  marsupials   macropod  marsupials   macropod  marsupials   macropod  marsupials   macropod  marsupials   fish   amphibians   amphibians   fish   birds,  elephants,  primates,    pigs   birds   ruminants   ruminants   ruminants   odd-­‐toed  ungulates   odd-­‐toed  ungulates   elephants   elephants   elephants   ruminants   odd-­‐toed  ungulates   odd-­‐toed  ungulates   odd-­‐toed  ungulates   odd-­‐toed  ungulates   odd-­‐toed  ungulates   odd-­‐toed  ungulates   odd-­‐toed  ungulates   odd-­‐toed  ungulates  

Thermoregulation   b   mode  of  host homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   poikilotherm   poikilotherm   poikilotherm   poikilotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm  

Part  of   c   GIT foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   foregut   foregut   foregut   foregut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut  

Site  of  GIT

d  

forestomach   forestomach   forestomach   forestomach   forestomach   forestomach   forestomach   forestomach   forestomach   forestomach   forestomach   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   crop   rumen   rumen   rumen   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine  

                                                                           

  Blepharocorythidae                   Cycloposthiidae                       Ophryoscolecidae                                  

Sulcoarcus  pellucidulus   Blepharocorys  microcorys   Blepharocorys  jubata   Blepharocorys  curvigula   Blepharocorys  angusta   Blepharocorys  uncinata   Charonina  ventriculi   Circodinium  minimum   Ochoterenaia  appendiculata   Raabena  bella   Bozasella  gracilis   Cycloposthium  bipalmatum   Cycloposthium  edentatum   Cycloposthium  ishikawai   Tripalmaria  dogieli   Triplumaria  dvoinosi   Triplumaria  fulgora   Triplumaria  harpagonis   Triplumaria  selenica   Triplumaria  solea   Triplumaria  sukuna   Anoplodinium  denticulatum  denticulatum   Anoplodinium  denticulatum  monacanthum   Diplodinium  anisacanthum   Diplodinium  dentatum   Diploplastron  affine   Enoploplastron  triloricatum   Entodinium  caudatum   Entodinium  dubardi   Entodinium  longinucleatum   Entodinium  simplex   Entodinium  bursa   Entodinium  furca  dilobum   Entodinium  furca  monolobum   Entodinium  nanellum   Eodinium  posterovesiculatum   Epidinium  caudatum   Epidinium  ecaudatum  caudatum  

odd-­‐toed  ungulates   odd-­‐toed  ungulates   odd-­‐toed  ungulates   odd-­‐toed  ungulates   odd-­‐toed  ungulates   odd-­‐toed  ungulates   ruminants   odd-­‐toed  ungulates   odd-­‐toed  ungulates   elephants   elephants   odd-­‐toed  ungulates   odd-­‐toed  ungulates   odd-­‐toed  ungulates   odd-­‐toed  ungulates   elephants   elephants   elephants   elephants   elephants   elephants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants  

homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm  

hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   foregut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut     hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut  

intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   rumen   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   rumen   rumen   rumen   rumen   rumen   rumen   rumen   rumen   rumen   rumen   rumen   rumen   rumen   rumen   rumen   rumen   rumen  

                                                        a

                                Parentodiniidae   Polydiniellidae   Pseudoentodiniidae   Spirodiniidae                 Troglodytellidae  

Epidinium  ecaudatum  fasciculus   Eremoplastron  dilobum   Eremoplastron  neglectum   Eremoplastron  rostratum   Eudiplodinium  maggii   Eudiplodinium  rostratum   Metadinium  medium   Metadinium  minorum   Ophryoscolex  caudatus   Ophryoscolex  purkynjei   Ostracodinium  clipeolum   Ostracodinium  dentatum   Ostracodinium  gracile   Ostracodinium  rugoloricatum   Ostracodinium  trivesiculatum   Polyplastron  multivesiculatum   Parentodinium  sp.   Polydiniella  mysorea   Pseudoentodinium  elephantis   Cochliatoxum  periachtum   Ditoxum  funinucleum   Gassovskiella  galea   Spirodinium  equi   Tetratoxum  excavatum   Tetratoxum  parvum   Tetratoxum  unifasciculatum   Triadinium  caudatum   Troglodytella  abrassarti  

ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   ruminants   elephants   elephants   odd-­‐toed  ungulates   odd-­‐toed  ungulates   odd-­‐toed  ungulates   odd-­‐toed  ungulates   odd-­‐toed  ungulates   odd-­‐toed  ungulates   odd-­‐toed  ungulates   odd-­‐toed  ungulates   primates  

homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm   homoiotherm  

foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   foregut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut   hindgut  

rumen   rumen   rumen   rumen   rumen   rumen   rumen   rumen   rumen   rumen   rumen   rumen   rumen   rumen   rumen   rumen   rumen   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine   intestine  

 Coding  of  hosts  for  reconstruction  and  correlation  analyses:  0  –  macropod  marsupials;  1  –  fish/amphibians;  2  –  birds;  3  –  elephants/odd–toed  ungulates;  4  –  ruminants;   5  –  primates;  6  –  pigs.   b  Coding  of  thermoregulation  mode  of  hosts:  0  –  poikilotherm;  1  –  homoiotherm.   c  Coding  of  parts  of  gastrointestinal  tract  (GIT)  of  hosts:  0  –  foregut;  1  –  hindgut.   d   Coding  of  sites  of  gastrointestinal  tract  (GIT)  of  hosts:  0  –  forestomach;  1–  crop;  2  –  rumen;  3  –  large  intestine.